Подчиняясь царскому рескрипту, Сенявин попел эскадру на Корфу. Там уже вовсю хозяйничали французы. Погрузив войска, Сенявин спешил выйти в море, наступала пора осенних штормов в Атлантике, а почти все корабли сенявинской эскадры пообветшали, не хватало рангоута и добротных парусов, многие суда требовали срочного ремонта. Кроме того, Сенявин с тревогой ждал известий о разрыве, после Тильзита, отношений с Англией. Адмирал надеялся, что в Петербурге, хоть на время перехода эскадры на Балтику, не допустят открытого конфликта с англичанами.
Средиземное море эскадра миновала благополучно, но за Гибралтаром, в Атлантическом океане, она попала в полосу очень длительных, сильных штормов. Адмирал собирался, держась подальше от англичан, обогнуть Британские острова с запада на север и потом перезимовать в одном из портов Норвегии. Но штормы сделали этот план невозможным. Северные ветры не позволяли эскадре продвигаться вперёд, восточные отгоняли её далеко в море от берегов Пиренейского полуострова. Положение эскадры было крайне опасно.
27 октября ураганный шторм разметал корабли, гибель эскадры казалась неминуемой. На всех кораблях паруса висели клочьями, постоянно то с одного, то с другого судна адмиралу сигнализировали о повреждениях, которые нельзя было исправить в открытом море: корабль «Ярослав» дал знать, что не может держаться в открытом море и просил разрешения идти в ближайший порт; «Селафаил» сигнализировал, что имеет течь по 26 дюймов в час; «Ретвизан» поднял сигнал, что у него повреждён руль, что он не может следовать за эскадрой. На корабле «Рафаил», вспоминал В. Панафидин, «три обшивочные-доски прорвали болты, которыми были прижаты к кораблю; вода лилась рекою... Все помпы были в действии и едва могли отливать воду...».
Как только позволил ветер, Сенявин приказал идти в порт города Лиссабон. 30 октября, несмотря ни крепкий ветер и сильное волнение, эскадра благополучно вошла в реку Таго.
Португальский принц Жоан радушно встретил рус скую эскадру, помог, чем смог. Адмирал донёс Александру обо всём и сообщил, что корабли настолько ветхи, что раньше весны не смогут выйти в море. На следующий день английская эскадра блокировала Лиссабон и не пустила туда отставший шлюп «Шпицберген». Со стороны материка вошли в Лиссабон французы генерала Жюно. Португальский принц не захотел быть вас салом Бонапарта и отплыл с двором в Бразилию. Наполеону эта страна была нужна для удушения Англии континентальной блокадой. Поэтому ещё до прихода Жюно в Лиссабон он просил Александра через посла подчинить русскую эскадру Парижу, а заодно и приструнить.
Александр I не замедлил указать Сенявину:
Более того, осенью, когда французы под натиском десанта англичан отступали из Лиссабона, Сенявин получил инструкцию: