В те дни на Плещеевом озере началось приобщение Фёдора Апраксина к морскому делу. Пытливый стольник ни на шаг не отставал от царя. Он поневоле, помогая Петру в освоении пока примитивных навыков постройки судов, с увлечением втягивался в ту работу. Теперь Фёдор с удовольствием трудился на верфи, а потом бился... в «потешных» сражениях на воде.
Приобретённый за 4 года на Плещеевом озере опыт вскоре пригодился.
В 1693 году, во время пребывания с царём в Белом море, Фёдор отправился с ним в плавание к Баренцеву морю. Верно оценив значимость единственного морского порта России, Пётр ставит верховодить в этом крае близкого ему человека. О чём упомянул и летописец:
Воеводы на Руси управляли воинами, водили в бой полки большие и передовые, правой и левой руки. Царь Михаил Фёдорович, укрепляя оборону, начал ставить воевод правителями в пограничных городах и уездах, где им принадлежала «по всем делам» власть, кроме духовной. Одним из них оказался дед Фёдора, Василий Петрович Апраксин, который был послан царём воеводою в город Севск. По закону, воевода не собирал кормов и пошлин, но не были воспрещены «добровольные приносы» в почесть. Воевода брал их без зазрения «сколько рука выможет», ибо был наместником, а значит, правил и судил. Широта власти его не была определена законом, потому волей-неволей порождала злоупотребления. К тому же и наказы из Москвы предписывали в конце концов поступать «как пригоже, смотря по делу, как Бог вразумит». Немало худородных дворян, почуяв возможность без особых хлопот и риска набить мошну, старались пробраться через знакомства при царском дворе в воеводы.
Перед отъездом в Москву царь заложил в Архангельске верфь для строительства судов. Апраксину наказал сооружать 20-пушечное судно.
— Не забудь леса припасти до зимы для строения новой яхты. Потолкуй с купцами Баженовыми на Вавчуге, нынче к ним загляну. Пушки отольём в Олонце, блоки я сам обточу. На верфь пришлю пару-тройку подмастерьев из Голландии, без них не сладить по-доброму.
Потекли воеводские будни. Казна требовала денег, город и деревня порядка, народ, суда по справедливости. Дьяки, подьячие прочие чины старались побольше урвать, за всеми нужен был глаз.
По первому снегу повезли из Вавчуга доски и брусья. Почти каждый день разгребали верфь от снега, стряхивали порошу с аккуратно сложенных стопками досок. Над Двиной замельтешил снегопад, укрывая скованную льдом полноводную реку. Долгие ночи сменял короткий день. Оно и день не день. В полдень изредка стылое солнце проглянет сквозь морозную мглу, а так метель да снегопад неделями скрывают светило, и недолгие дни кажутся серыми и тоскливыми.
После Рождества пришла весточка воеводе от брата Петра. Наталья Кирилловна занемогла.
Спустя три недели одному Апраксину поведал о своём горе царь, кончине матери.
С открытием навигации 1694 года в Архангельск потянулись десятки иноземных судов. Хлопот у воеводы прибавилось — всех принять надо по-доброму, но смотреть зорко за мошенниками. Как бы товар гнилой не привезли, не околпачили наивных русских купцов.
В мае прибыл царь, спустили на воду первое судно, построенное в Соломбале под присмотром Апраксина, окрестили «Святым Павлом». Проводив царя в поход на Соловки, Апраксин присматривал каждый день за достройкой на воде «Святого Павла». Предстояло на нем совершить второе плавание к океану, к Баренцеву морю.
В августе в Архангельске встал на якорь первый фрегат «Святое пророчество» в 44 пушки, построенный в Голландии. На гафеле развевался по ветру российский флаг, бело-сине-красный.