Кампанию он заканчивает в чине капитан-лейтенанта и отправляется в Архангельск. Следующим летом возвращается в Кронштадт на 66-пушечном линейном корабле.
Весной 1754 года он уже капитан 3-го ранга и вскоре назначен членом комиссии «Для рассмотрения, регламента флота», а затем; как образцовый офицер, направлен а Морской шляхетный корпус. Здесь он служил вместе с Харитоном Лаптевым. Работая в комиссии, Спиридов совместно с капитан-командором Семёном Мордвиновым разработал новый свод Морских сигналов.
Начало войны с Пруссией, летом 1757 года, капитан 2-го ранга Спиридов встретил на мостике линейного корабля «Астрахань».
Объявляя войну, царский Манифест гласил:
По плану армия должна была направить свой главный удар на Кёнигсберг и овладеть Восточной Пруссией. Особый отряд выделялся для занятия Мемеля.
Пруссаки, явно недооценив силы русских, вскоре поплатились за это. Русские войска и флот овладели Мемелем, пруссаки потерпели поражение под Грос-Егерсдорфе и стали спешно отступать. Главнокомандующий русской армией генерал-фельдмаршал Степан Фёдорович Апраксин, не в пример родителю, человек бесхарактерный и беспринципный, сделавший карьеру лишь благодаря придворным связям, вёл двойную игру. Зная, что Елизавета Петровна давно недужит, он боялся рассердить бедующего императора Петра III слишком быстрым наступлением и оттягивал, как мог, преследование пруссаков. Более того, отвёл вскоре войска к Мемелю, за что и был отстранён от командования и отдан под суд за измену. Сменивший его генерал-аншеф Фермор в дальнейшем, после взятия Кёнигсберга, тоже действовал не лучшим образом.
Балтийский флот в первых двух кампаниях войны успешно подпирал фланги русской армии при продвижении её вглубь Пруссии, а затем и Померании. Снабжение армии шло морским путём, и малейшая задержка приводила к неудаче. В жестокие осенние штормы 1758 года погибло 11 транспортов с продовольствием и вооружением, и наши войска потому сняли осаду сильной крепости Кольберг. В том же году русская эскадра заняла позиции вблизи Копенгагена, чтобы воспрепятствовать прорыву в Балтийское море флота Англии.
Командир флагманского корабля «Святой Николай» капитан 1-го ранга Григорий Спиридов неделями не сходил с мостика. В любую непогоду вышагивал на шканцах с подзорной трубой. Со стороны Штральзунда на помощь пруссакам ожидался английский флот. Командующий эскадрой, престарелый адмирал Захарий Мишуков, сладко подрёмывал в салоне флагмана. На корабле, где командовал Спиридов, он уже третью кампанию держал свой флаг и не ведал забот. Знал, что в любой обстановке командир флагманского корабля примет наиболее разумное решение и своевременно отдаст приказ кораблям эскадры от его имени. В четвёртую кампанию флагману уже не пришлась по душе самостоятельность Спиридова.
Нынче одновременно с наступлением на Берлин русские войска предприняли новую попытку взять Кольберг. Существенная роль на этот раз отводилась флоту. В середине августа 1760 года к Кольбергу подошёл Балтийский флот — 21 линейный корабль, 3 фрегата, 3 бомбардирских корабля. На транспортах находилось три тысячи десантных войск. Но время было упущено, флот слишком поздно включился в осаду. Чересчур осторожный Мишуков, невзирая на предписание Адмиралтейств-коллегии, уповая, что войска у Кольберга создадут перелом, а флот лишь довершит осаду крепости.
В салоне флагмана, на линейном корабле «Святой Дмитрий Ростовский», адмирал Мишуков держал консилиум командиров кораблей.
Сгорбленный адмирал Захарий Мишуков, которому уже перевалило за 75 лет, больше всего радел о своём спокойствии. Тяжело поднялся с кресла, хриплым голосом проговорил:
— Тому три года викторию знатную под Мемелем взяли токмо нашими бомбардирами корабельными. Регламент предписывает перво бомбардировать крепость... Нынче нет пока надобности десантом рисковать...
Взяв слово, Спиридов с горячностью сказал:
— Сие токмо неприятелю радость. Время драгоценное ему на пользу, не нам... Отец наш, создатель Великий Пётр, завещал атаковать неприятеля решительно... Стало быть, не мешкать надобно, а действом неприятеля ошеломить.