Впервые за многие годы римляне столь бурно выражали свой восторг иностранным войскам, глядя на стройную колонну русских моряков: «Виват, московито!» — неслось из открытых окон и с балконов. В голове отряда шли полковник Скипор и лейтенант Балабин. За их спинами в крепких руках шелестел, гордо рея на ветру, Андреевский стяг. По улицам и площадям древней столицы Италии гремела удалая русская песня, волной перекатывалась вдоль рядов ушаковских чудо-богатырей.
То было в уходящем году последнее радостное событие.
Накануне прихода в Мессину Ушаков получил императорский рескрипт: «Эскадрам забрать войска и следовать в черноморские порты». Эскадра перешла на Корфу, готовилась к возвращению в Севастополь.
Близились дни расставаний с республикой Семи островов. Благодарные жители по-разному выражали свои чувства к русским морякам и их адмиралу. На Кефалонии выбили медаль. С одной стороны был изображён Фёдор Фёдорович, а по ободу шла надпись: «Знаменитый почитаемый Фёдор Ушаков, главный русский флотоводец. 1800 г.», с другой — русские корабли и тоже надпись: «Кефалония всех Ионических островов спасителю». Жители острова Итаки также преподнесли медаль, но изобразили адмирала в образе Одиссея, который, по преданию, родился на Итаке. С Занте прислали серебряный позолоченный щит с изображением Семи конических островов.
Накануне ухода эскадры на «Святой Павел» прибыла депутация Корфу, с поклоном преподнесли шпагу, украшенную алмазами, и с надписью: «Корфу освободителю своему Ушакову». Растроганный Фёдор Фёдорович, принимая подарки, каждый раз просил о главном для него, чтобы после ухода эскадры граждане островов жили дружно, в спокойствии. Сенат Ионических островов выразил признательность за доброе управление островами:
6 июля 1800 года крепостные стены Корфу были сплошь усеяны жителями острова.
Флагман поднял сигнал: «С якоря сниматься. Следовать за мной».
Буднично и до обиды заурядно встречал Севастополь свою эскадру после почти трёхлетней разлуки, как будто не было сражений и побед в Средиземноморье, а ведь все корабли возвратились целёхонькими. Главнокомандующий флотом, фаворит Павла I, фон Дезин благодушествовал в Николаеве, и Ушакову оставалось действовать по заведённому порядку, разоружать эскадру, приводить в порядок обшарпанные за долгие годы скитаний в чужеземных портах корабли, готовить отчёты по всем расходам и ждать своего часа. Всё решилось весной. В столице, по странной традиции, отправили на тот свет за конного царя Павла I, а новый властелин Александр I прислал командовать флотом слащавого француза маркиза де Траверсе. Адмирал Ушаков как боевой черноморский флагман в Петербурге никого не интересовал. О нём вспомнили год спустя и поручили командовать гребным флотом на Балтике, на замену Де Траверсе. Скрепя сердце Ушаков покидал Черноморский флот, становлению которого он отдал столько сил и энергии, победами которого прославил Россию. Гребной флот на Балтике давно потерял свою значимость и доживал последние годы. Новый император, Александр I, равнодушно, мимоходом, изредка вспоминал о флоте. Уже в преклонных годах Ушаков, хотя и недужил временами, изнывал от тоски по морю, но крепился. Служба в Петербурге тяготила манерами, необходимостью ловчить и приспосабливаться. А он не мог «изгибаться» и потакать начальству против совести. А тут вдруг услыхал на заседании Адмиралтейств-коллегии: «Посылка наших эскадр в Средиземное море стоила государству много, сделала государству блеску, а пользы никакой...»
В декабре 1806 года Ушаков подал рапорт об отставке, ссылаясь на «душевную и телесную болезнь, чтобы не быть в тягость службе».
Царь с издёвкой попросил министра П. Чичагова:
— Разузнай, в чём заключается его душевная болезнь.
Ушаков ответил без обиняков: