Клан Хитрово, еще при Алексее Михайловиче державший в своих руках чуть не все дворцовое ведомство (шесть приказов), после смерти его главы Богдана Матвеевича
Крупнейшие государственные деятели Одоевские ведали всего двумя приказами, а Голицыны — одним (да и то недолго). Центр тяжести конкретных государственных решений переместился в Думу, о чем Федор Алексеевич заявил уже на третий день царствования со свойственной его именным указам энергией и лаконичностью:
«Боярам, окольничим и думным людем съезжаться в Верх в первом часу (то есть с рассветом) и сидеть за делы».
Сам он вскоре присоединился к боярам, причем для ускорения работы часть дел рассматривал лично. Так, на пятнадцатый день царствования Федор Алексеевич повелел ныне и впредь решать дела всех подвергнутых предварительному заключению в Разбойном приказе без промедления «и колодников свобождать без всякого задержанья», а дела, которые судьи не могут решить быстро, докладывать ему самому. Борьбой против извечного русского бича — бесконечного предварительного следствия и тюремного мучительства — царь занимался с присущей ему последовательностью.
Учитывая также указы о совершенствовании гражданского суда, не позволяющие подданным волокитить друг друга, надо признать, что Федор Алексеевич хорошо усвоил схоластический постулат, что надежда граждан на скорый и правый суд есть необходимое условие социального мира. Этому учил его в детстве Симеон Полоцкий, это настойчиво подчеркивал другой ученик Полоцкого — Сильвестр Медведев, писавший царю:
Ничто в мире лучше, яко глава
Крепкаго тела, егда умна, здрава.
«Головой" государства был царь и его „синклит“ (совет), укреплением которого Федор Алексеевич и занялся. При Михаиле Романове Боярская дума насчитывала в начале и конце царствования двадцать восемь — двадцать девять человек (иногда их было до тридцати семи); при Алексее — шестьдесят пять — семьдесят четыре человека. За свое краткое царствование Федор довел число думцев с шестидесяти шести до девяноста девяти; при этом число думных дьяков стабилизировалось, думных дворян — даже сократилось, а число окольничих хотя и выросло с тринадцати до двадцати шести, но осталось в пределах их численности при отце.
Особенностью царствования Федора было почти полное отсутствие «праздничных» пожалований чинов (в связи с коронацией, женитьбой, рождением сына и т. п.), когда они раздавались в основном родственникам и фаворитам. Боярство жаловалось соответственно знатности рода, военным заслугам, роли в дворцовом управлении и лишь в последнюю очередь — благодаря личной близости к государю.
Отсутствие ярко выраженного преобладания в Думе какой-либо группировки способствовало значительному смягчению придворной борьбы и увеличению продуктивности работы. Законодательство, особенно близкое родовому дворянству поместно-вотчинное, совершенствовалось сравнительно с Уложением 1649 года весьма энергично. Царь и Дума неоднократно утверждали даже не отдельные законы, а серии из десятков новых статей к Уложению.
Эти обширные дополнения и еще более семидесяти отдельных указов последовательно укрепляли и расширяли земле— и душевладение служилых феодалов, заботливо оберегали родовую собственность, сближали поместья с вотчинами и увеличивали вторые за счет первых. Дворянство ограждалось от притока лиц из податных сословий, а крестьяне сближались с дворовыми и холопами.
Лично Федора Алексеевича этот отлаженный процесс не очень занимал. Если дополнительные статьи к Уложению по вопросам судопроизводства он утвердил сам, на основе справки из Судного приказа, но без Думы, то поместно-вотчинные узаконения в некоторых случаях вводились в действие без царя, одним боярским приговором. Формула «государь указал и бояре приговорили» менялась в таких случаях на «по указу великого государя бояре приговорили», то есть фиксировала трансляцию полномочий сюзерена на высшее государственное учреждение.
Еще дальше этот процесс зашел в области административной практики, к которой государь прилежал с первых дней царствования. Четвертого августа 1676 года Федор Алексеевич утвердил скользящий график обсуждения в Думе дел по докладам из всех приказов. Но его собственные отлучки из столицы, особенно частые в теплое время года, не позволяли Думе непрерывно (кроме выходных) заседать в полном составе. В этом случае в Москве «для дел» оставлялась думская комиссия.