По традиции, назначение в ее состав считалось почетным и царь не мог отказать в нем представителям родовой знати, ссылавшимся «на старину». Записи в дворцовых разрядах с сентября по декабрь 1676 года и с марта 1678 года по октябрь 1680 года показывают, что из восемнадцати остававшихся «в царево место» бояр одиннадцать назначались от одного до трех раз, пятеро — от шести до семи раз.
Конечно, стабильность управления обеспечивали профессионалы, ведавшие делопроизводством: печатник Д.М. Башмаков и думный разрядный дьяк В.Г. Семенов. Постепенно Федор Алексеевич ввел постоянную должность председателя боярской комиссии (Я.Н. Одоевский) и его заместителя (А.А. Голицын), что и было отмечено в разрядных записях. Первый оставался в Москве шестнадцать, второй — двенадцать раз.
Логичным завершением этого процесса стало превращение комиссии Боярской думы в Расправную палату, которая по месту заседаний называлась также Золотой. Восемнадцатого октября 1680 года царь именным указом повелел: «Боярам, и окольничим, и думным людям сидеть в Палате, и слушать изо всех приказов спорных дел, и челобитныя принимать, а его великого государя указ по тем делам и по челобитным чинить по его великаго государя указу и по Уложению». Двенадцатого августа 1681 года Федор Алексеевич указал чиновникам, «которые сидят у росправных дел в Золотой палате… как учнут дела чьи, или свойственников их слушать— и тем в то время из палаты выходить».
«Серьезную перестройку с целью упрощения и дальнейшей централизации» отметил при Федоре лучший знаток истории приказов. Общее их количество сократилось с сорока трех до тридцати восьми, зато штат подьячих вырос колоссально. При Алексее (в 1664 году) в сорока трех приказах работал семьсот семьдесят один человек, при Федоре уже в 1677 году было на то же число учреждений тысяча четыреста семьдесят семь подьячих, а в конце его царствования в тридцати восьми приказах их было тысяча семьсот два! Крупнейшие ведомства насчитывали более четырехсот сотрудников, средние — семьдесят — девяносто, мелкие — тридцать — пятьдесят. Количество судей сократилось с сорока трех до тридцати одного, дьяков осталось столько же (приказных — сто двадцать восемь — сто двадцать девять).
Именными указами Федор Алексеевич установил единое время работы сотрудников центральных ведомств, от бояр-судей до подьячих: пять часов с рассвета и пять часов перед закатом (согласно русскому счету часов). Уже в 1677 году он повысил статус управлявшегося дьяками Разрядного приказа: отныне всюду, кроме учреждений, возглавляемых боярами и окольничими, они посылали не памяти, а указы.
Традиционная коллегиальность управления приказами была ограничена: с 1680 года имена «товарищей» главного судьи было в бумагах писать не велено. Тогда же имена думных дьяков было указано писать с полным отчеством, как и бояр. Наконец, в 1680 году Федор Алексеевич провел полную ревизию центральных ведомств, а в следующем году предложил им представить генеральную справку о совершенствовании законов.
Уже при упразднении Монастырского приказа в 1677 году царь позаботился, чтобы финансовые его дела попали в специализированную на них Новую четверть. В 1680 году разбросанные по разным приказам финансовые дела были объединены в Большой казне, а поместно-вотчинные сконцентрированы в Поместном приказе.
Седьмого ноября 1680 года Федор Алексеевич объединил управление военными приказами — Разрядным, Рейтарским и Иноземным (он ведал солдатами) в руках известного военачальника боярина князя Ю. А. Долгорукова, а двенадцатого числа издал развернутый именной указ о военно-административной реформе. Отныне все приказы, кроме названных и Стрелецкого (также управлявшегося Долгоруковым), теряли военные функции; лишь в ведении Сибирского и Казанского приказов оставлялись местные войска, но и они входили в округа, образованные по военно-окружной реформе.
Реформа армии была связана с войной, под знаком которой шло взросление Федора Алексеевича и которая долго связывала его по рукам и ногам в деле преобразований. Она была объявлена Алексеем Михайловичем Турции и Крымскому ханству в конце 1672 года согласно обязательствам, данным Речи Посполитой в союзном договоре весны того же года. Царь исходил из идеи оборонительного союза славянских и вообще христианских государств против османско-крымской агрессии в Европе — и крупно просчитался.
Напрасно инициатор войны А.С. Матвеев рассылал посольства по всей Европе: Империя в союзе с Испанией, Голландией и Пруссией как раз вступила в сражение с Францией, Англией и Швецией (1672 — 1679). Польша, на помощь которой устремились россияне, после разгрома под Каменец-Подольском заключила с турками позорнейший сепаратный мир и, хотя ее чрезвычайными усилиями удалось заставить разорвать Бучачский договор (по которому султану уступался даже Киев!), была союзником ненадежным и опасным.