В самый день бракосочетания, 16 апреля 1841 г., Николай I назначил наследника престола членом Государственного совета, и в продолжение следующих двух лет членом других высших правительственных учреждений — Финансового комитета (6 декабря 1841 г.), Комитета министров (20 января 1842 г.), Кавказского комитета (30 августа 1842 г.). Цесаревич был назначен также членом Комитета по строительству постоянного моста через Неву и председателем Комитета Петербургско-Московской железной дороги. Отправляясь в 1842 г. в инспекционную поездку по Южной и Западной России, продолжавшуюся более месяца, Николай I впервые возложил на наследника на время своего отсутствия из столицы «решение дел Комитета министров и Государственного совета, равно как по всем министерствам и Главным управлениям отдельными частями». С тех пор обязанность эта возлагалась на цесаревича каждый раз, когда император отлучался из Петербурга.
С течением времени наследнику престола поручаются все более важные дела, среди которых особое значение имел крестьянский вопрос. Назначенный председателем Секретного комитета по крестьянскому делу 1846 г. (члены: председатель Государственного совета И. В. Васильчиков, шеф жандармов А. Ф. Орлов, министр внутренних дел Л. А. Перовский), наследник в возрасте 28 лет проявил полную терпимость к крепостничеству. В журнале Комитета признано: «Доколе Россия, по непредвиденным судьбам, не утратит своего единства и могущества, дотоле другие державы не могут служить ей примером. Колосс сей требует иного основания и иных понятий о свободе не только крестьян, но и всех сословий. Основанием России было и должно быть самодержавие, без него она не может существовать в настоящем своем величии. Свобода в ней должна состоять в ограждении каждого и лично, и по имуществу от притеснений другого и в повиновении всех законам, исходящим от одного высшего источника». Крепостное право оставалось незыблемым еще 10 лет, пока внешние обстоятельства не поставили под удар могущество державы. Слова документа в этом отношении оказались пророческими. Робкие решения Секретного комитета о регламентации в отдаленном будущем повинностей крестьян и предоставлении им права жалобы на помещиков посредством инвентарей хотя и были утверждены Николаем I, но остались без последствий. Безрезультатно окончился и другой Секретный комитет под председательством великого князя Александра Николаевича — о дворовых людях 1848 г.
Тогда же, в 1848 г., в связи с усилением реакции в ответ на революционные события в Европе, он проявил себя крайним поборником ужесточения цензуры, сторонником учреждения Секретного бутурлинского комитета (цензуры над цензурой). Настаивая на участии в нем барона М. А. Корфа, он говорил ему: «Речь идет о том, чтобы завязать ожесточенный бой (с литературой, прессой. — Л. 3.)… а вы внезапно ретируетесь с поля сражения». Он также признал необходимость строгих предупредительных мер, принятых императором Николаем I относительно высших учебных заведений для ограждения их от «революционной заразы». Он писал бывшему своему адъютанту Назимову по случаю назначения его попечителем Московского учебного округа: «Место, которое вы будете занимать, весьма важно, в особенности в наше время, где молодежь воображает, что она умнее всех и что все должно делаться, как ей хочется, чему, к несчастью, мы видим столько примеров за границею; к этому и г(оспода) профессора — команда не легкая. Надзор за ними, и самый бдительный, необходим».
Возможно, в его позиции больше, чем убеждение, проявлялась зависимость от отца, несамостоятельность. Так считали некоторые современники, например, Корф. Когда в мае 1848 г. Николай I распорядился ограничить число своекоштных студентов, Корф написал записку, которая убеждала в необходимости отказаться от этой меры. Он хотел вручить записку цесаревичу, но раздумал: «Государь не отходит так скоро от принятых мер, особенно когда они пошли от него непосредственно, и наследник, если б и убедился в справедливости моих замечаний, едва ли бы решился противостоять». Это суждение Корфа представляется весьма убедительным, но если даже допустить сомнение в его правоте, то несомненным остается факт, что никакого стремления и никаких попыток к освобождению крестьян он не предпринимал до своего воцарения и никакой склонности к либерализму не обнаруживал, в отличие от своего брата великого князя Константина Николаевича. И только крутое изменение объективных обстоятельств, неподвластных даже самодержавному монарху, вынудит его в дальнейшем пересмотреть традиционные понятия и традиционную политику, хотя неприязнь к журналистам, к свободе слова окажется устойчивой, а опыт назначения военных во главе народного образования возобновится и в период его царствования.