В опалу попал и окольничий И. П. Головин. В Сибири и казанских пригородах на воеводствах (фактически в ссылке) оказались и другие члены рода Головиных: Василий Петрович, Владимир Петрович, Иван Васильевич, Никита Петрович, Пётр Петрович Меньшой, Фёдор Васильевич Головины. Они вернулись в Москву только при Лжедмитрии I.
Противники Годуновых и Романовых-Захарьиных попытались устроить переворот. Шуйские, Воротынские и Колычевы начинают уговаривать престарелого князя Ивана Фёдоровича Мстиславского принять участие в убийстве Бориса Годунова. Мстиславский поначалу отказывается, он слабоволен и нерешителен, да и Борис Годунов всегда хорошо к нему относился. Мало того, Борис публично назвал себя сыном Ивана Фёдоровича, разумеется, имея в виду покровительство, а не кровное родство.
Но через некоторое время Мстиславский дал себя уговорить. Бориса должны были убить на пиру у Мстиславского. Однако заговор был открыт. Но публичного суда не было. И. Ф. Мстиславский был очень популярен, а Годуновы и Романовы ещё слишком слабы, чтобы устраивать показательные процессы без риска нежелательных последствий. В итоге состоялось тайное соглашение, по которому И. Ф. Мстиславский обязался постричься в монахи.
23 июня 1585 года князь Мстиславский приехал в Соловецкий монастырь, но ему там, видимо, не понравилось, и он отправился на Белоозеро. В Кирилло-Белозерском монастыре И. Ф. Мстиславский постригся и стал старцем Ионой. В обмен на пострижение Годуновы и Романовы позволили его сыну Фёдору Ивановичу Мстиславскому занять в Боярской думе место отца и сохранить все родовые вотчины.
В 1585 году — начале 1586 года гонениям подверглись князья А. П. Куракин, И. М. Воротынский и В. Ю. Голицын. Не пострадали только Шуйские, хотя их руководящая роль в борьбе с Годуновыми была очевидна.
В 1585 году положение в столице было крайне нестабильным. Об этом свидетельствует и передача Борисом Годуновым Троице-Сергиеву монастырю фантастической по тем временам суммы — тысячи рублей. Этот вклад должен был обеспечить будущее семьи Годуновых в случае победы их врагов.
Весной 1586 года Шуйские попытались прийти к власти с помощью мятежа. На подкуп московских купцов и «чёрных людей» были потрачены крупные суммы. Шуйские распускали самые нелепые слухи. Так, например, Борису Годунову приписывалось намерение свергнуть с престола Фёдора и посадить на царский трон католика — австрийского принца, женив его на царице Ирине.
Борис Годунов, в свою очередь, передал большие суммы начальникам всех стрелецких полков.
В те времена в Московском государстве, как и через 500 лет при большевиках, тщательно скрывались все народные восстания. Поэтому о бунте московского населения в мае 1586 года никаких официальных документов не сохранилось. Мало того, в конце 1586 года русские послы в Польше и Австрии категорически опровергали слухи о том, что царь Фёдор в «Кремле-городе в осаде сидел». Они говорили: «Того не бывало, то нехто сказывал негораздо, бездельник. От ково, от мужиков в осаде сидеть? А сторожи в городе и по воротам, то не ново, издавна так ведетца для всякого береженья».
Послы нагло врали, как, впрочем, и положено дипломатам. Расходные книги Чудова монастыря засвидетельствовали факт осады Кремля с полной неопровержимостью. В середине мая 1586 года монастырь закупал боеприпасы «для осадного времени». Как видим, монастырские служки и холопы в дни осады охраняли кремлёвские стены вместе с верными Годуновым стрельцами.
Поднимать население на восстание — дело крайне опасное, особенно когда зачинщики восстания стремятся не к радикальным переменам, а к простой смене правителей. Это ещё раз показал московский бунт 1586 года: чернь вышла из-под контроля Шуйских. Уничтожение клана Годуновых и, возможно, Романовых, могло произойти только ценой большой крови и полного разгрома стрельцов. А что потом? Смогли бы в случае победы Шуйские обуздать московскую чернь? Однозначных ответов на эти вопросы у Шуйских, видимо, не было, и они решили заключить мир с Борисом Годуновым. Роль посредника взял на себя митрополит Дионисий. В нашей исторической литературе его принято называть сторонником Шуйских. На самом же деле Дионисий был хитрым и чрезвычайно честолюбивым человеком. Его поведение свидетельствует о том, что он не желал полной победы ни Шуйским, ни Годуновым. А сторону тех и других Дионисий принимал исключительно из тактических соображений. Он вёл свою борьбу за власть. Заметим, у него было много шансов на успех. Дионисий мечтал стать наставником и фактическим правителем при набожном царе Фёдоре. В Средние века отмечены десятки случаев, когда глава церкви становился главой светской власти при неспособном правителе.
С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские помирились с Годуновыми. Из толпы вышли два купца и сказали князю: «Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасть, и нам погибнуть». В ту же ночь эти два купца были схвачены.