Так, историки пишут о грамоте Гермогена, датированной началом января 1611 года. О ней известно лишь из грамоты Прокопия Ляпунова, пришедшей в Нижний Новгород 31 января 1611 года. Ляпунов пишет: «...писали вы к нам с сыном боярским с Иваном Оникиевым, что января ж в 12 день приехали с Москвы к вам в Нижний сын боярский Роман Пахомов да посадской человек Родион Мосеев, которые посланы были от вас к Москве, ко святейшему Ермогену патриарху московскому и всея Руси и ко всей земле с отписками и для подлинных вестей. А в распросе, господа, вам сказывали (приехавшие 12 января гонцы. —
Можно привести ещё ряд грамот из Нижнего Новгорода и других городов, где говорится о призывах Гермогена идти на Москву, но, увы, там тоже нет ссылок на конкретные патриаршьи грамоты, а есть только ссылки на третьих лиц, передававших мнение Гермогена.
С другой стороны, по свидетельству князя И. А. Хворостинина, бояре «возъяришася на архиереа» и не велели пускать к нему народ для благословения. «Он же, пастырь наш, аки затворен бысть от входящих к нему, и страха ради мнози отрекошаяся к его благословению ходити, но сей никако же обычнаго своего учения оставив».
Скорее всего, патриарх вёл закулисную агитацию против поляков, но никаких грамот лично не подписывал. Ляпунову и вождям первого ополчения крайне нужна была какая-то видимость легитимности, и они ссылались на волю патриарха. Вспомним, что через 60 лет Стенька Разин, идя вверх по Волге, утверждал, что получил благословение на поход на Москву у свергнутого патриарха Никона.
Ляпунов с товарищами писал по городам в феврале 1611 года: «И ныне, с божиею милостию, возложа упование на всесильного бога и на пречистую богородицу, по благословению нового исповедника и поборателя по православной вере, отцем отца святейшего Ермогена патриарха московского и всея Руси, втораго великого Златоуста, исправляющего несуменно безо всякого страха слово христовы истины, обличителя на предателей и разорителей нашия христианской веры, мы... и вся земля служивые люди Московского государства, целовали животворящий крест господень на том, что всем стати за образ пречистыя богородицы и великих чудотворцев и за истинную православную веру против злых разорителей веры христианской, польских и литовских людей».
В свою очередь, бояре попытались заставить Гермогена написать Ляпунову грамоту, «чтоб он к Москве не собирался». Патриарх отказался и пригрозил, что если Владислав не примет православия, а поляки не уйдут из Москвы, то он напишет вождям первого ополчения, что «я их благословляю и разрешаю, кто крест целовал королевичу, идти под Московское государство и помереть всем за православную христианскую веру».
В ответ Михайла Салтыков кинулся с ножом на патриарха, но Гермоген «против ножа его не устрашился и рече ему великим гласом, осеняя крестным знамением: „Сие крестное знамение против твоего окаянного ножа. Да будь ты проклят в сём веке и в будущем!“».
Стоявшему же рядом боярину Мстиславскому патриарх посулил: «Твоё есть начало, тебе за то добро пострадати за православную христианскую веру, если прельстишься на такую дьявольскую прелесть — и бог преселит корень твой от земли живых». Мол, будешь противиться ляхам — будет у тебя сын, а нет — умрёшь без потомства. На этом разговор закончился.