Желая угодить самозванцу, московские бояре надругались и над прахом семьи Годуновых. Царь Борис был по обычаю похоронен в Архангельском соборе Кремля рядом с другими московскими правителями. По боярскому приговору тело царя было выкопано, положено в простой гроб и перезахоронено в ограде бедного Варсонафьева монастыря на Сретенке. Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили совершить традиционный погребальный обряд над телами царицы Марьи и царя Фёдора. Их отвезли в Варсонафьев монастырь и без всяких почестей и церемоний зарыли недалеко от Бориса Годунова.
Уцелевшие Годуновы, а также их отдалённые родственники Сабуровы и Вельяминовы были по указу самозванца разосланы под стражей по отдалённым городам. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя боярина С. М. Годунова. Его отправили в Переяславль-Залесский с приставом князем Ю. Приимковым-Ростовским. Везти боярина в отдалённый город не имело смысла. Пристав получил приказ умертвить его в тюрьме. Вотчины, дома и прочее имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну.
20 июня 1605 года по Коломенской дороге в Москву двигалась торжественная процессия. Впереди неё скакали взад и вперёд польские гусары в раззолоченных шлемах и кирасах. В Москву возвращался сын Ивана Грозного. Вокруг него ехали московские бояре. Сзади шли польская пехота и русские стрельцы. Торжественно звонил колокол. Московские улицы были забиты людьми, люди облепили крыши домов и колокольни — всем хотелось посмотреть на чудесно спасшегося царевича.
При приближении процессии народ падал на колени перед новым царём и кричал: „Дай, господи, тебе, господарь, здоровья! Ты наше солнышко праведное!“ Дмитрий отвечал на эти крики: „Дай бог и вам здоровья! Встаньте и молитесь за меня богу!“
День был солнечный и тихий, но, когда новый царь, переехавший наплывной мост через Московские ворота, вступил на площадь, поднялась сильная буря. Народ заволновался, начал креститься и приговаривать: „Помилуй нас бог! Помилуй нас бог!“ Духовенство встретило царя на Лобном месте с крестами. Отъехав несколько шагов от Лобного места, Дмитрий остановил свою лошадь около церкви Василия Блаженного, снял шапку, взглянул на Кремль, на бесчисленные толпы народа и со слезами стал благодарить Бога, что сподобил его увидеть родную Москву. Народ, видя слёзы царя, тоже стал рыдать.
В Кремле по старинному обычаю Лжедмитрий пошёл по соборам, слушал молебны. Во время молебнов поляки сидели на лошадях, трубили в трубы и били в бубны, и это не понравилось москвичам.
Вопреки легендам, никаких речей при встрече Лжедмитрия сказано не было. Лишь в Архангельском соборе Отрепьев собрался с духом и сказал несколько слов, которых от него все ждали. Обливаясь слезами, Лжедмитрий припал к гробу Ивана Грозного и громко объявил, что „отец его — царь Иоанн, а брат его — царь Фёдор“.
Обойдя соборы, Лжедмитрий направился в тронный зал и торжественно уселся на царский престол. Польские роты стояли строем с развёрнутыми знамёнами под окнами дворца.
Опасаясь за свою безопасность, самозванец велел заменить всю кремлёвскую стражу. Как записал Исаак Масса, „казаки и ратники были расставлены в Кремле с заряженными пищалями, и они даже вельможам отвечали грубо, так как были дерзки и ничего не страшились“.
Новому царю потребовался и новый патриарх. Царь Дмитрий постановил собрать Священный собор. Собравшись в Успенском соборе Кремля, иерархи православной церкви провозгласили: „Пусть будет снова патриархом святейший патриарх господин Иов“. Восстановление Иова в сане патриарха потребовалось собору, чтобы придать процедуре вид законности. Следуя воле царя, иерархи постановили затем отставить от патриаршества Иова, потому что он „великий старец и слепец, и не в силах пасти многочисленную паству“. Патриархом же был единогласно избран рязанский архиепископ Игнатий, грек, бывший раньше архиепископом на Кипре и пришедший в Россию в царствование Фёдора Иоанновича. Игнатий был первым русским иерархом, признавшим самозванца. Игнатий был также единственным архиепископом, прибывшим в Тулу встречать „истинного царя“.
24 июня Игнатия возвели в патриархи. Обратим внимание на даты. Царь повелел собрать собор 21 июня, а через три дня патриарх был избран. Надо ли говорить, что этот „собор“ представлял не русскую православную церковь, а иерархов Москвы и её окрестностей.
Новый патриарх разослал по всем областям грамоты с известием о восшествии Дмитрия на престол и возведении его, Игнатия, в патриаршеское достоинство по царскому изволению, причём предписывал молиться за царя и за царицу-мать, чтобы „возвысил господь бог их царскую десницу над латинством и бусурманством“.
Грамоты Игнатия могли успокоить народ, но среди церковной верхушки сразу же пошли слухи, что Игнатий является сторонником унии с римско-католической церковью. Кстати, после гибели Лжедмитрия I Игнатий бежал в Польшу, получил солидную пенсию от короля Сигизмунда и официально принял унию.