Первый из Японских островов — Сатуума, с высокой конусообразной горой, названной именем корабельного астронома Тернера. Обойдя с юго-запада остров, шлюп вошёл в гавань Нагасаки. Только в этот единственный порт скрытные японцы разрешили зайти русскому судну.
14 января 1805 года в Нагасаки происходило полное лунное затмение. Его начало, когда тень Земли «наползла» на диск ночного светила, помешало увидеть плотное облако, но выход луны из тени удалось наблюдать.
До начала апреля путешественники ждали приезда уполномоченного от императора для переговоров с русским посланником. Встреча состоялась, но не принесла ровно никаких результатов, более того, впредь было запрещено какому-либо российскому кораблю заходить даже в Нагасаки. «Впрочем, — замечал Крузенштерн, — не могу я думать, чтобы запрещение сие причинило великую потерю российской торговле».
Потом выяснилось, что причиной такого отношения японцев было «какое-то возмущение», произошедшее в императорской резиденции Иеддо (теперешний Токио).
Крузенштерн, Лангсдорф и Тернер не теряли даром время в Нагасаки. Они впервые точно определили географическую широту города и составили подробное описание района. Несмотря на запрет японских властей приближаться к берегам островов на севере, Крузенштерн осмотрел некоторые из них и нанёс на карту. Появились русские названия на карте — мыс Грейга, залив Румянцева, гора Тилезиуса (натуралиста на борту «Надежды»), мыс Россиян, мыс Надежда.
Подробно был осмотрен остров Иессо (Хоккайдо), тогда населённый айнами и не принадлежавший Японии, ряд мелких островов. Вдоль берега Иессо русские вышли к Лаперузову проливу, за которым виден был Сахалин. Японцы называли его Карафуто. Крузенштерн узнал и об островах Курильской гряды — Кунашир, Шикотан и Итуруп, открытых в 1792 году русским путешественником Лаксманом. Их тоже населяли айны.
Зайдя в Петропавловск, где высадились Резанов и Лангсдорф, «Надежда» вернулась для исследовательских работ к Курильским островам и Сахалину.
Возвращение
Весной 1804 года «Нева», нагруженная пушным товаром, отправилась к Ситхе. За зиму Баранов, помирившись с колошами, отстроил Ново-Архангельск заново. В нём появилось восемь зданий, о которых Лисянский написал: «По величине и по виду своему могут почтены быть красивыми и в самой Европе». Лисянский составил карту и описание группы Ситхинских островов, а кроме того, краткий словарь языков и диалектов Северо-Западной Америки.
На острове Крузе, названном именем русского адмирала, под командой которого Лисянский воевал когда-то, он совершил восхождение на гору Эджкомб. С вершины открылась удивительная картина восточной части Русской Америки. Лисянский с восторгом писал: «Стоя на вершине горы, мы видели себя окружёнными самыми величественными картинами, каковые токмо природа представить может. Бесчисленное множество островов и проливов до входа [в залив] Креста и самый материк, лежащий к северу, казалися под нашими ногами, горы же по другую сторону Ситхинского залива представлялись как бы лежащими на облаках, под нами носившихся».
1 сентября «Нева» покинула Ситху, направившись в китайский порт Кантон. В нём или в каком-то другом китайском порту предстояла встреча с «Надеждой».
Тем временем Крузенштерн, доставив российского посла Николая Резанова в Японию, вернулся в Петропавловск-Камчатский, проведя по пути съёмку западного берега острова Хоккайдо, а затем — восточного, северного, западного берегов Сахалина. Им было нанесено на карту около тысячи вёрст береговой линии острова.
Но Крузенштерн, как и 18 лет назад ходивший в этих водах на двух шлюпах «Буссоль» и «Астролябия» Жан Франсуа Лаперуз, не смог установить островное положение Сахалина. Продвигаясь с севера по Сахалинскому заливу, он увидел, что тот резко сужается к югу и очень сильно уменьшается глубина. Рискуя оказаться на мели, Крузенштерн повернул «Надежду» назад, подтвердив вывод Лаперуза о соединении Сахалина с материком. Впрочем, он заметил в своём отчёте, что дальнейшее исследование этого района было бы «не бесполезным», поскольку «оставалось ещё неизведанное пространство, составляющее от 80 до 100 миль, а положение устья Амура не определено с достаточной достоверностью».
21 сентября Петропавловскую гавань покидает «Надежда», она берёт курс на Кантон, где по договорённости предстоит встреча с «Невой». Через два месяца «при крепком ветре и дожде» Крузенштерн вводит свой корабль в порт Макао. Тогда это была португальская колония на территории Китая. Совсем рядом — Кантон, где в устье реки Тигрис уже стоит «Нева», прибывшая на 17 дней раньше.
«Кантон стоит на реке Тигрисе, — писал Лисянский, — по внешнему виду он похож на большую деревню, а внутри представляет собой гостиный двор. Каждый дом служит купеческой лавкой, а улицы вообще могут быть названы рядами разных товаров и ремёсел. Улицы в нём узки, а ввиду большого количества народа, который их постоянно наполняет, проходить по ним очень трудно.