Император Иоанн Палеолог и Патриарх Константинопольский Иосиф, побуждаемые отцами Базельского Собора через их легатов принять участие в деяниях Собора по вопросу о соединении Церквей, отправили от себя посланников к трем восточным Патриархам и правителям иверскому, трапезундскому, сербскому и молдовлахийскому, прося их послать на Собор своих представителей, дабы вся Православная Церковь могла принять участие в столь великом деле, как решение вопроса о соединении с Римом. Вопрос же о посланнике со стороны Российской Церкви разрешался сам собой, так как Митрополитом всея Руси был в то время ставленник папы иллирийский монах Исидор, оказавшийся самым преданным сторонником папы и изменником православию. В Ватиканской библиотеке имеется рукопись, которая проливает некоторый свет на происки папы в деле возведения Исидора в Митрополиты всея Руси. Она гласит следующее: «В 1435 г., по кончине Киевского митрополита Фотия, избран был епископами и всем причтом церковным также западных земель русских и Литовского Княжества на митрополию Киевскую человек добрый, набожный, тихий, скромный и ученый — епископ Рязанский Иона. После избрания он был отправлен в Константинополь к императору Иоанну и Патриарху Иосифу, чтобы принять посвящение от последнего. Но еще до Ионы прибыл в Константинополь из Рима с грамотой от папы некий Исидор, словак, из краев западных, человек уклончивый, хитрый, снаружи льстивый, внутри превратный. Ласковыми словами, покорными просьбами, грамотой папы он склонил императора и Патриарха на то, чтобы вручить ему митрополию Русскую, грамота же папы была следующего содержания: «Евгений, слуга слуг Божиих, епископ Римский, высокой столицы нового Рима, честному Патриарху Иосифу, брату нашему во Христе наимилейшему, покоя и утехи. За побожным и чести годным и просвещенным мужем именем Исидор покорность наша желает, дабы его незамедлительно на архиепископство русской столицы посвятили и с полномочием своим послали» (Правда Всел. Церкви о Рим. и проч. патр. кафедрах. С. 231). За Исидора папа просил и императора Иоанна. Не зная тайных замыслов папы, Патриарх Иосиф, по просьбе последнего и по ходатайству императора, а более для того чтобы Церковь Христова в великом народе русском не оставалась долго без пастыря и старшего строителя, посвятил Исидора на митрополию и отпустил его с грамотами на Русь. Вскоре после его отбытия приехал в Константинополь Иона с грамотами из Москвы. Патриарх раскаялся в том, что уступил просьбам Исидора, и, созвав на совет духовенство, по совещании объявил Ионе: «Сын наимилейший Иона! Благословение на митрополию Киевскую хитростью и лестью у меня уже выманено: я посвятил и отпустил туда уже Исидора. Но когда Богу угодно будет или смертью, или каким-либо другим случаем удалить Исидора от митрополии, тогда я тебе, избранному от всех святителю, даю благословение мое воспринять престол митрополии русской». Слова Патриарха Иосифа оказались пророческими: Исидор был отрешен от митрополичьей кафедры, и ее занял впоследствии Иона.
Пообещав Ионе Киевскую митрополию после Исидора, Патриарх отпустил его. Приезд Исидора на место назначения поразил всех неожиданностью, однако он был принят с почестями и стал править митрополией. Пробыв на митрополии четыре месяца, он объявил, что в Италии готовится Восьмой Вселенский Собор для соединения Церквей, на котором необходимо быть и ему, и стал собираться в путь. Великий князь Василий Васильевич и некоторые из епископов старались отклонить его от этой поездки, но он упорно стоял на своем намерении. Тогда великий князь сказал ему: «Если ты уже непременно желаешь идти на Восьмой Собор, то принеси нам оттуда древнее православие, которое мы приняли от предка нашего Владимира, а нового и чужого не приноси нам, мы его не примем». Исидор дал клятву стоять за древнее православие, но на Флорентийском Соборе ее не сдержал. Взяв с собой немалое число духовных лиц, Исидор отправился в Феррару и уже на пути стал обнаруживать свою измену православию. Случилось ему прибыть в одно место, населенное как православными, так и латинянами, и те и другие вышли навстречу ему с крестами. Он миновал православных, даже не поклонившись кресту, и подошел к последним. Сопутствовавший ему епископ Суздальский Авраамий, видя такой поступок, удивился и с горечью сказал: «Видно, не пастыря, а волка, овчей одеждой прикрытого, имеем мы». Латиняне приняли его с великой радостью, угощали и проводили далее. Вот как с первых же шагов стала обнаруживаться личность митрополита Исидора, принявшего на себя обязанность защищать православие.