Но продолжим далее историю подготовки восточных епископов к Собору. По свидетельству великого екклесиарха Константинопольской Церкви Сильвестра Скиропула, принимавшего участие в соборных деяниях, император Иоанн Палеолог, имея свои тайные замыслы, которые он обнаружил впоследствии, велел посланному к Патриархам внушить им тайно, что если они никого не имеют назначить своими местоблюстителями, избрали бы указанных им лиц, и Патриархи исполнили его волю беспрекословно, назначив лиц, указанных императором. Грамотами своими, данными их заместителям, они, однако, связали последних обязательством, чтобы те не дерзали ничего утверждать на Соборе или определять кроме того, что будет согласно с правилами Вселенских Соборов и св. отцов, и дабы отнюдь не было никакого изменения или прибавления в Символе Веры (Скиропул. Кн. III, гл. 3). Когда Патриарх узнал, что легаты на Собор избраны по царскому приказу, без его одобрения, он огорчился за столь неуместную тайну. Еще более смутился прибывший в Константинополь от лица Базельского Собора легат, когда прочитал патриаршие грамоты, которые связывали патриарших местоблюстителей. Он убедил императора послать Патриархам для подписи другие доверительные грамоты, в которых было исключено все, что могло препятствовать соединению, под тем именно предлогом, что это необходимо для чести царя и Собора. Посылая эти грамоты, император писал Патриархам: «Знайте, что мы ничего не хотим творить кроме того, о чем вы сами к нам писали, и не хотим изменить что-либо вопреки уставам вселенским и отеческим, ничего не убавляя и ничего не прибавляя к доселе верованному нами и укрепленному соборно. Итак, отложите всякое подозрение и, изменив грамоты ваши, пребывайте спокойны, что ни в чем не отступим от заповедей ваших». Время показало, что император не выполнил своего обещания, и неудивительно, что восточные Патриархи не признали впоследствии флорентийских постановлений.
После получения от Патриархов вторичных грамот император известил папу через хранителя печати Мануила, что готов с наступлением осени прибыть на Собор, а через другого посланника, Иоанна, потребовал от отцов базельских, чтобы те прислали за ним в условленное время галеры. Он же должен был условиться с ними и об издержках в пути, но на деле оказалось другое. Посланник императора Иоанн, непонятно по каким причинам, вступил в переговоры относительно денег и судов с самим папой, что показалось весьма подозрительным отцам базельским (Скиропул. Кн. III, гл. 5).
Осенью прибыли в Константинополь папские галеры с легатами и тремя западными епископами. И легаты, и епископы стали убеждать императора и Патриарха немедленно тронуться в путь и прибыть в Феррару, уверяя, что папа примирился с отцами Базельского Собора. Но не прошло и двух недель, как в Константинополь прибыли галеры, посланные отцами Собора. Легаты соборные обличили коварство папы и принесли условленные деньги на путевые издержки. Легаты папские, со своей стороны, не щадили денег и обещаний, чтобы склонить императора на сторону папы. Напрасно епископы базельские уверяли, что папа враждует против Собора и предлагали ему приостановить свою поездку, пока он не убедится в этом, снесясь с Собором. Император отверг эту предосторожность. Не послушался он и германского императора Сигизмунда, в пределах империи которого действовал Базельский Собор, советовавшего ему не ехать в Италию, пока не утихнет внутренний раздор в Западной Церкви; не послушался он и здравого голоса восточных святителей, и совета турецкого султана Амурата не надеяться на дружбу с латинянами. Какое-то странное ослепление овладело его умом, и он, отвергнув предложение отцов базельских, вместе с 12 епископами и многочисленным клиром отплыл в Италию, чтобы там испить заслуженную им чашу горестей и позора.