Став королем польским, Ягайло не мог уже непосредственно управлять литовским княжеством, ввиду чего назначил своим наместником, со званием великого князя, своего брата Скиргеллу. Но другие удельные литовские князья начали борьбу с Ягайло и привели дело к тому, что великим князем литовским, в ленной зависимости от Ягайло, стал сын Кейстута Витовт. Но это не помешало Витовту быть полновластным государем и вести самостоятельную политику. Он присоединил к Литве Смоленское княжество, и при нем границы Литвы достигли небывалых пределов. Его время считалось эпохой наибольшего расцвета и могущества Литвы. Та же политика самостоятельности велась и преемниками Витовта Свидригайло и Сигизмундом Кейстутовичами, и лишь при младшем сыне Ягайло Казимире IV оба государства опять соединились под властью одного короля.
При Витовте Московский митрополичий престол занял Киевский митрополит Киприан, и Киевская кафедра объединилась тогда с Московской в одну церковную область, так как Витовт не хлопотал о другом митрополите для своей страны. После смерти же митрополита Киприана Витовт поспешил послать в Константинополь своего кандидата на Киевскую митрополию, Полоцкого епископа Феодосия, но в Константинополе в посвящении Феодосия отказали и прислали в Россию митрополита из греков — Фотия, славившегося ученостью. Витовт согласился принять Фотия при условии, что он будет проживать в Киеве. Фотий около полугода жил в Киеве, но потом переселился в Москву. Недовольный таким оборотом дела, Витовт решил учредить самостоятельную Литовскую митрополию и с этой целью созвал в 1414 г. в Новогрудке Собор Западно-Русских православных епископов, на котором митрополитом был избран болгарин Григорий Цамвлак. Таким образом, литовские епархии были отделены от Московской митрополии и получили самостоятельное управление, образовав отдельную митрополию. Местом для жительства нового митрополита были назначены Новогрудок и Вильна, а кафедральным собором для митрополии стал Виленский Пречистенский собор. Основав, таким образом, самостоятельную Литовско-православную митрополию, Витовт в дальнейших действиях по ее устроению не чужд был соединения Литовско-Православной Церкви с Римом. Как раз в то время заседал Констанцский Собор, на котором между прочего разбиралось дело Иоанна Гуса. Полагая, что дело Гуса могло бы послужить мостом к этому соединению, Витовт послал на Собор в Констанц митрополита Цамвлака с несколькими епископами сговориться по вопросу о соединении. Но они прибыли туда уже после сожжения Гуса, когда Собором было отвергнуто даже причащение под двумя видами, и, таким образом, вопрос о соединении с Римом стал невозможным. Да и выдвинутая Витовтом идея соединения, без сомнения, была чужда воле западнорусов, ибо сам митрополит Цамвлак открыто заявил на Соборе, что сам он вовсе не желает подчиняться папе, а прибыл только из повиновения своему князю. Затронутый Витовтом вопрос о соединении Церквей, однако, не может служить доказательством его враждебности к православию, ибо после смерти Григория Цамвлака (1420) он снова признал митрополитом московского Фотия, и обе Церкви снова соединились в одну. После смерти Витовта (1430) при преемнике его Свидригайло, брате Ягайло, возведенном на престол преимущественно русскими боярами, положение православных западнорусов в Литве стало господствующим, но вместе с тем, как увидим далее, оно принесло для Западно-Русской Церкви и большие потрясения. Свидригайло, принявший ранее католичество, отрекся от него и сделался приверженцем православия. Он немедленно начал войну против Ягайло и латинства и, имея некоторый успех, сжег и разрушил в Литве все латинские храмы, изгнал отовсюду латинских епископов и монахов и отнял у них церковные имения. Но счастье недолго сопутствовало Свидригайло. По проискам польских панов и по настоянию Ягайло на Литовский престол возведен был брат Витовта Сигизмунд Кейстутович, который успешно повел борьбу со Свидригайло, и последний должен был покориться судьбе, бежать на Волынь и там найти себе убежище. Во время этой борьбы латиняне в отместку за действия Свидригайло при помощи Сигизмунда сожгли, в свою очередь, почти все русские церкви в Литве, а в самом Киеве построили для себя костел и учредили там постоянную епископию, хотя она насчитывала во всей области не более 7 приходских церквей.