Благоприятные условия для деятельности иезуитов лежали, между прочим, и в тогдашнем зависимом положении Западно-Русской Церкви от существовавшего в то время в Литве института церковного права, в силу которого известному лицу или учреждению предоставлялась известная совокупность прав и обязанностей по отношению к церковной должности и в особенности к ее замещению, или так называемого патроната. Патронат предоставлял польско-литовским королям право утверждать лиц, избранных иерархией или народом, на высшие духовные должности, и, пользуясь правом патроната, польские короли не мало причинили Западно-Русской Церкви вреда, так как этим правом злоупотребляли. Злоупотреблений этих не чуждались даже те короли, которые старались содействовать благу Православной Церкви. Это подтверждает следующий пример пожалования архиерейской кафедры Сигизмундом I. Был у Сигизмунда писарь Михайло Коптя. Командированный королем в крымскую орду расположить татар на сторону Польши, Коптя издержал на это дело не только отпущенные ему средства королем, но и свои личные. Чем же вознаградил Коптю король? Не деньгами, а тем, что по просьбе Копти предоставил право его отцу Василию Евлашковичу занять епископскую кафедру Луцкую или Владимирскую — какая прежде окажется праздной, — а самому Копте даровал то «челобитье» (вознаграждение), которое имел бы взять от той епископии сам король при назначении ей нового епископа. Так же поступил он и с кафедрой митрополичьей, предоставив таковую митрополиту Макарию по просьбе последнего и по ходатайству корыстолюбивой королевы Боны и некоторых латинских и православных вельмож. Не гнушался Сигизмунд I раздавать светским лицам из-за материальных выгод и священнические места. Стефан же Баторий понимал право патроната так широко, что сам избирал и назначал высших духовных лиц. На духовные должности он смотрел как на награду за гражданские заслуги, а потому нередко назначал на них мирян, и притом людей, не вполне достойных духовного сана. Был случай, что он назначил на православную кафедру католика. Мало того, случалось, что одна и та же архиерейская кафедра или архимандрия давалась двум-трем лицам, между которыми начинались споры и даже борьба с вооруженной силой. Так, в 1565 г. король Сигизмунд II Август еще при жизни Владимир-Волынского епископа Иосифа пожаловал кафедру последнего почти одновременно еще двум лицам: шляхтичу Борзобогатому и Холмскому епископу Феодосию Лозовскому. Лишь только умер епископ Иосиф, Борзобогатый поспешил прибыть во Владимир и, введенный в управление епархией королевским чиновником, оставил здесь заведовать всем своего сына Василия, а сам уехал к королю. Через некоторое время туда же явился владыка Холмский Феодосий с двумястами конных и тремястами пеших вооруженных людей и потребовал от Василия уступить ему Владимирскую кафедру добровольно. Получив от Василия отказ, Феодосий на другой день увеличил свой отряд до двух с половиной тысяч вооруженных людей и, расставив по разным местам девять пушек, приказал стрелять из них по епископскому замку и соборной церкви. Шесть раз посылал он свое войско на штурм замка, во время которого повреждены были здания замка и соборная церковь и много людей было убито. Пан Василий принужден был ночью бежать из замка, а владыка Феодосий торжественно вошел в него и завладел Владимирской кафедрой. По жалобе Борзобогатого король потребовал Феодосия к себе на суд, но тот, избив королевского посланника, от явки отказался. И после этого Феодосий все-таки остался на Владимирской кафедре и «украшал» ее еще много лет.
На раздачу православных монастырей мирянам короли смотрели как на дело обычное, и никогда эта отдача не совершалась так часто, как при королях Сигизмунде Августе и при Батории. Так, только в последние годы жизни Сигизмунда Августа им роздано было шесть монастырей, причем некоторые из них «на вечность», т.е. в потомственное владение. Не отставал в этом деле от Сигизмунда и Стефан Баторий, отдавая монастыри иноверцам. Не принимая духовного сана, миряне управляли монастырями, как хотели, не повиновались епископской власти, только собирали доходы с монастырских земель, а монастыри разоряли. Доходило до того, что в монастырях не оставалось ни чернеца, ни священника, и богослужения в монастырском храме совершенно прекращались. При подобных порядках монастырская жизнь замирала, а вместе с этим ослабевало и усердие православных к святым обителям. Подобные настроения, вкоренившиеся в жизнь Западно-Русской Церкви, подрывали ее авторитет даже среди православных и наносили ей неисчислимый вред, чем и пользовались иезуиты в своих замыслах к полному подчинению православных Риму.