Пока Кирилл продолжал разоблачать Нестория, сначала в письмах к нему (его знаменитое «Догматическое послание»), а затем в специальных богословских трудах, Несторий, воспользовавшись жалобами некоторых Александрийских клириков на своего епископа (своим характером Кирилл снискал себе многих врагов и его не любили за его неограниченный авторитет в Египте и при дворе), собирался судить его церковным судом. Вместо богословского ответа на богословское обвинение он стремился просто «раздавить» врага, пользуясь поддержкой Императора — слабовольного и нерешительного Феодосия II… Видя опасность, Кирилл обратился в Рим. Там уже и раньше не любили Нестория за одностороннюю, без сношений с Римом, поддержку пелагиан — еретиков, мутивших в то время христианский запад. Проповеди Нестория, которые тот прислал папе Целестину, были резко осуждены тамошним «экспертом» по восточным делам, марсельским игуменом Иоанном Кассианом. Таким образом, обвинения и жалобы Кирилла попали в Риме на благоприятную почву и в августе 430 г. собор епископов, под председательством папы, осудил учение Нестория, причем Константинопольскому епископу для отречения от своих заблуждений дано было десять дней с момента получения им римского решения. Решение же это было переслано в Константинополь через Кирилла, которого папа уполномочивал быть своим представителем. Узнав о постановлении римского собора, Кирилл собрал в Александрии своих епископов, которые, конечно, подтвердили осуждение Несториева учения. Собор одобрил также составленную Кириллом для Нестория форму отречения в виде 12 «анафематизмов». Весь этот материал и был послан Несторию и епископам главных восточных церквей — Иоанну Антиохийскому, Ювеналию Иерусалимскому и Акакию Верийскому — друзьям Нестория и последователям Феодора Мопсуэтского. Несторий, между тем, чтобы «парировать» то, что ему казалось новым нападением Александрийского честолюбия, сумевшего и Рим обратить на свою сторону, убедил Императора созвать для решения дела вселенский собор. «Сакра» Императора, разосланная в ноябре 430 года епископам, созывала их на Пятидесятницу следующего 431 года — в Ефес.
Внешняя история Третьего Вселенского Собора трагична. Он собирался в атмосфере взаимных подозрений, обид, непонимания. И снова, как и в арианской смуте, это было не только столкновение белого и черного — православия и ереси, но и действительное непонимание — из-за различий в оттенках мысли и употреблений слов. Снова «синтезу» должен был предшествовать длинный и мучительный «анализ», путь медленного согласования слов и традиций.