Когда император Канси высвободил время, он начал разбираться с беспорядками на северо-западной пограничной территории. В то время Монголия была разделена на три большие части: юг пустыни Гоби, север пустыни Гоби и запад пустыни Гоби. Монголия в западной части пустыни Гоби называлась Монголией ойратов, которая включала в себя четыре части, где проживали джунгары, хошоты, торгоуты и дербеты. Они занимались кочевым скотоводством к северу от горы Тянь-Шань Западного края и к востоку от озера Балхаш. Влияние джунгаров было самым большим, они постоянно притесняли другие народности, пытаясь вытеснить их. Торгоуты не могли с ними справиться, а потому переместились на запад – в регион реки Волги. В этот раз бед натворил Галдан – глава джунгаров. Сначала он убил своего дядю и тестя, захватив верховную власть, а потом послал войска в поход, чтобы они по всем направлениям безрассудно дрались. Он не только нанес поражение хошотам, но еще и напал на Монголию северной пустыни Гоби, захватив большую часть территории. Очевидно, что Галдан хотел единолично захватить западную и северную часть пустыни Гоби, по этому поводу он даже просил помощи у России. Россия предоставила ему множество огнестрельного оружия и боеприпасов, а также направила людей на север пустыни Гоби, чтобы захватить территорию.
Монголия северной части пустыни Гоби также называлась территорией халха-монголов и разделялась в то время на четыре части: Тушэту-хан, Засагту-хан, Сэцэн-хан и Сайн-нойон-хан. Их сначала раздирали междоусобицы, а затем они начали давать отпор российской армии. Они не были готовы к нападению Галдана, поэтому потерпели поражение, и им только осталось бежать в южную часть пустыни Гоби. Галдан отправился в погоню и проследовал до Улан-Бутуна (к югу от территории проживания племени кэшикэтэн во Внутренней Монголии). Национальности халха оставалось только попросить помощи у императорского двора. Император Канси послал людей для примирения, но Галдан ничего и слышать не хотел и вступил в бой с цинской армией. Улан-Бутун находился всего в 350 километрах от Пекина, и мятежные войска быстро прибыли. Император Канси издал приказ дать отпор. Так началась война, которая должна была подавить бунт.
Летом 1690 года император Канси лично возглавил многочисленную армию и вышел за пределы Губэйкоу и Сифэнкоу и прибыл в Улан-Бутун. Галдану пришла в голову такая идея: он приказал подчиненным связать более десяти тысяч верблюдов и уложить их на земле, на спины взвалить ящики и накрыть все мокрым войлоком. Расположенные в ряд, они казались живой стеной, – «верблюжий город». Воины спрятались в этом верблюжьем городе и начали стрелять из оружия и луков. Цинская армия не обратила внимания на этот трюк и начала стрелять по верблюжьему городу из пушек. В конце концов, много верблюдов погибло, а мятежные войска были разбиты, и они наперебой обратились в бегство. Галдану осталось только отправить посланников с предложением мира, сказав, что он выполнит приказ императорского двора об отступлении и больше никогда не будет притеснять национальность халха. Главнокомандующий цинской армии Фу Цюань поверил и отпустил Галдана с его армией. Кто бы мог подумать, что Галдан остановится на полпути своего отступления, пополнит снабжение, а затем вернется, чтобы продолжить бой.
Император Канси сказал полководцам: «По-видимому, если Галдана не убрать, то на границе мира не будет. Рано или поздно его все равно надо будет убрать». Для умиротворения границы он неоднократно производил инспекторский осмотр в Монголии. Самым оживленным был 1691 год. После большой победы в Улан-Бутуне император Канси прибыл к озеру Долон-Нур (уезд Долон-Нур во Внутренней Монголии) и собрал всех вождей из Монголии в южной и северной частях пустыни Гоби. После убеждений императора вожди все части Халха-Монголии объявили о примирении и установили различные системы. После собрания также состоялась церемония военного парада. Таким образом, Монголия Южной Гоби и Северной Гоби утихомирились и могли единодушно противостоять Галдану.