Анализируя итоги баткенских событий, невольно приходится констатировать, что ни одной из открыто декларировавшихся лидерами боевиков-экстремистов целей, они в результате не достигли. Наоборот, мировое общественное мнение с трибуны ООН заклеймило эту акцию как экспансию международного терроризма, как коварную акцию транснациональной организованной преступности против суверенного государства и призвало дать достойный отпор экстремистам. В рамках осуществления договора стран СНГ о коллективной безопасности, соглашения о Дружбе и Сотрудничестве между суверенными государствами Центральноазиатского региона, о взаимопомощи государств "Шанхайской пятерки" (Россия, Китай, Казахстан, Кыргызстан, Таджикистан) были осуществлены комплексные мероприятия по усилению обороноспособности Кыргызстана, укреплению государственных границ, Вооруженных сил. Осенью-зимой 1999-2000 годов были созданы объединенные антитеррористические центры, штабы, тактические группы по линии МО, МВД, МНБ, проведены оперативно-тактические, командно-штабные военные учения с тренировочным нанесением ударов по базам боевиков в Таджикистане, Афганистане. Началось формирование единой информационной базы данных о террористических группировках, экстремистских бандформированиях, их лидерах, дислокации, связях, путях снабжения оружием и т.д. Ускоренным темпом была сформирована новая Баткенская область, пограничная служба Кыргызской Республики. На границе с Таджикистаном в Баткенском, Кадамджайском, Чон-Алайском районах были размещены погранотряды, в помощь национальной пограничной службе Кыргызстана стали создаваться отряды самообороны.
Таким образом, надежды лидеров боевиков-экстремистов вбить клин между суверенными государствами Центральной Азии, закрепиться в Кыргызстане и отсюда продолжить осуществление бредового плана создания Ферганского халифата, оказались тщетными. ИДУ, другие экстремистские группировки, поддержавшие баткенскую акцию, разоблачили себя как реакционные, преступные, опасные банды террористов, борьба с которыми должна вестись в международном масштабе. Анализируя вышеприведенные факты, можно сделать вывод о том, что главной целью баткенской вооруженной акции 1999 года была разведка боем новых путей возможной массовой контрабандной транспортировки наркотика через труднодоступные горные тропы Памиро-Алая, создание промежуточных баз, сети проводников, информаторов, перевозчиков и т.д. Эту цель наверняка им удалось осуществить. Доказательством может служить не только тщательная разведка безопасных путей в труднодоступных ущельях Тавиль-Дары, Джергетала, но главным образом участившееся число задержаний наркокурьеров с афганским опием и героином, которые провели оперработники Управления по борьбе с наркобизнесом МВД Кыргызской Республики совместно с коллегами из УВД Ошской, Баткенской, Джалал-Абадской областей. Причем путь наркотрафика пролегал, в основном, через те места, где недавно шли бои. Так, 21 марта 2000 года в Оше была задержана группа наркодельцов, у которых изъято 200 килограммов опия-сырца. В Джалал-Абадской области за первый квартал 2000 года было обезврежено 3 группы наркотрафикантов с афганским героином. Согласно оперативной информации из Казахстана, Узбекистана, Таджикистана, там тоже заметно возросло число выявленных попыток провоза наркотиков афганского происхождения. Причем, исходная точка - горные кряжи Баткенского региона Кыргызстана.