В связи с распадом СССР, гражданской войной в Афганистане, открытым провозглашением режимом талибов и бен Ладеном наркоэкспансии как формы религиозного экстремизма против "неверных", возникла совершенно новая ситуация. Она потребовала полностью переориентировать оперативно-служебную деятельность на решение проблем предотвращения ввоза афганского опия-сырца, а вскоре и героина, через прозрачную границу с Таджикистаном, Узбекистаном, непосредственно граничащими с Афганистаном, на установление тесных и постоянных контактов с правоохранительными органами стран Центральной Азии, России. Это позволит совместными усилиями выявлять организованные преступные группы наркотрафикантов, учиться перекрывать чрезграничные наркопути, наркомаршруты на железнодорожном, воздушном, автомобильном транспорте. Вырабатывать новую стратегию и тактику приходилось на ходу, привлекая международный опыт и, одновременно, не забывая о том, что "доморощенную" проблему каннабиса (гашиша, марихуаны) тоже необходимо решать. Как подчеркнул заместитель министра внутренних дел Кыргызской Республики Кенешбек Душебаев, "... это было время закрепления завоеванных позиций, упрочения профессионализма кадров, освоения новых методологий, завоевания доверия со стороны руководства республики, МВД и международных организаций.
Еще до начала афганской наркоэкспансии, когда республику захлестнули опийные волны, мы начали плодотворную работу по созданию коллектива, способного противостоять дерзкой наркоэкспансии. Первый начальник УБН МВД А.Л.Зеличенко (1991-93 годы), пришедшие ему на смену Т.А.Бейшенбаев (1994-1999 годы), Ж.С.Бакиев (2000-2001 годы), Р.Р.Раимбердиев упорно потрудились, выковали работоспособную структуру, способную противостоять организованной наркопреступности. Деловая атмосфера, наступательный стиль работы дали возможность ежегодно без сбоев обеспечивать высокие результаты в борьбе с распространением наркотиков. Вследствие этого окреп голос Кыргызстана на международной арене, произошла эволюция взглядов на наркоситуацию и борьбу с наркопреступностью, пришла уверенность в возможности успешно противостоять ей".
Структура службы МВД по борьбе с наркобизнесом (с 1994 года Управление по борьбе с наркобизнесом МВД Кыргызской Республики) оставалась неизменной почти 10 лет: оперативно-поисковый отдел, контрольно-методический, организационно-аналитический. В областных управлениях внутренних дел и УВД города Бишкек действуют отделы по борьбе с наркобизнесом, в районном (городском) звене - отделения, группы. Всего в службе - 200 сотрудников, каждый из которых помимо высшего юридического образования раз в два года обучается на курсах повышения квалификации при Академии Министерства внутренних дел Кыргызской Республики. Налажена система переподготовки и на базе международных учебных центров (США, Египет, Венгрия). Действует система ранней специализации кадров, обучающихся в Академии или средней специальной школе МВД Кыргызской Республики. Это обеспечивает динамизм, профессионализм в борьбе с наркобизнесом, усиливает оперативные позиции, обмен информацией с аналогичными службами зарубежных стран, позволяет внедрять передовой опыт, совершенствовать контроль за повседневной деятельностью подразделений.
Характерно, что согласно Закону "Об органах внутренних дел Кыргызской Республики" (1994 год) и "Положению о Министерстве внутренних дел Кыргызской Республики" (1995 год) борьба с наркоманией и наркобизнесом является помимо УБН обязанностью оперативных работников уголовного розыска, системы исполнения наказаний, участковых инспекторов милиции, других служб и подразделений органов внутренних дел. Управление по борьбе с наркобизнесом (УБН) в такой ситуации выступает еще и координатором, объединяющим возможности и усилия различных служб, прежде всего в тщательном анализе наркоситуации и различной деловой информации, периодической организации кодовых операций "Мак", и привлечении к ним сотрудников территориальных органов внутренних дел, общественности, представителей государственной администрации.