В марте 1998 года в приграничной перестрелке были тяжело ранены двое российских воинов из Пянджского погранотряда. По мнению руководства Группы погранвойск, так им отомстили члены организованной преступной группы контрабандистов за задержание 28 февраля 1998 года крупной партии героина стоимостью 30 миллионов долларов. Всего же в Таджикистане российскими пограничниками было пресечено 135 попыток перехода границы наркоконтрабандистами, при этом в сорока вооруженных столкновениях 35 перевозчиков было убито и 7 ранено. Главари вооруженных формирований, занимавшихся незаконным оборотом наркотиков, реально угрожали убийством начальникам семи пограничных застав и укрепленных районов.
В целом, начиная с 1994 года и заканчивая первой половиной 1999 года, российскими пограничниками было пресечено более 800 попыток вооруженных курьеров пересечь таджикско-афганскую границу, которую господин Пино Арлаки, Исполнительный директор Международной Программы ООН по контролю наркотиков, назвал "воротами в Западную Европу". При этом было конфисковано 7,5 тонны наркотиков. Попытки вооруженных прорывов через афгано-таджикскую границу чаще всего предпринимались на участках Московского, Калай-Хумбского, Хорогского пограничных отрядов. В 1999-2001 годах в среднем предпринималось по 22-26 попыток в месяц, и подавляющее большинство было связано с предварительным интенсивным пулеметным обстрелом участков, охраняемых российскими пограничниками, с целью отвлечения внимания последних от вооруженных наркотрафикантов, которые пытались преодолеть границу в других точках.
Директор Федеральной пограничной службы России Константин Тоцкий отмечал в 1997 году, что Таджикистан быстро становится настоящим коридором для идущего в Европу афганского героина. По информации российской пограничной службы, несколько мощных лабораторий по производству героина действовали в приграничных с Таджикистаном районах Афганистана. Эксперты допускали, что к 2001 году производство героина в Афганистане возрастет до 700 тонн. Директор ФПС Российской Федерации подчеркнул, что, принимая во внимание положение в соседних странах, контрабанда наркотиков в Европу через Таджикистан и Россию остается наиболее удобным для преступников маршрутом. В этой связи генерал Тоцкий открыто критиковал своих таджикских коллег за потворство контрабандистам. По его словам, с января 1999 года, по соглашению с руководством Республики Таджикистан, российские пограничные войска проводили эксперимент по передаче 20-километрового участка таджикско-афганской границы под охрану таджикских пограничников. Однако уже через два месяца после начала эксперимента была получена информация, что поток оружия и наркотиков через "учебную зону" возрос многократно. Местные пограничники попросту распахнули границу перед наркокурьерами. "Поэтому, заявил директор ФПС, - эксперимент по самостоятельной охране Таджикистаном своих границ скорее всего будет заморожен". При этом, отвечая на вопрос, каково будущее расквартированной в Таджикистане Группы Российских погранвойск, К.Тоцкий отметил, что "вопрос об их выводе не стоит. Это было бы весьма опрометчивым шагом". Согласно подписанному в апреле 1999 года договору между правительствами Российской Федерации и Республики Таджикистан, в Таджикистане дислоцирована военная база российских вооруженных сил 201 дивизии. Конечно же, угроза массированного поступления в регион Центральной Азии наркотических средств из Афганистана и Пакистана нарастала бы с еще большей динамикой, если бы не деятельность российских пограничников в Таджикистане и Кыргызстане. За 1992-1997 годы на линии таджикско-афганской границы было конфисковано 6,5 тонн опиума.
По данным командования Группы пограничных войск ФПС России в Республике Таджикистан, наиболее интенсивная контрабандная транспортировка наркотических веществ с территории Афганистана осуществлялась по трем направлениям:
Пянджском - на западном участке таджикско-афганской границы;
Хорог - Мургаб - Ош;
Хорог - Ишкашим - Мургаб - Ош.
Часть наркотиков доставлялась через Калай-Хумб в Гарм, а оттуда в Душанбе и далее в европейскую часть СНГ. В 1995 году на этих направлениях было задержано более 2 тонн наркотиков, в 1996 г. - почти 4 тонны. Только за февраль-март 1997 года было предотвращено 14 попыток вооруженных прорывов наркоконтрабандистов, изъяты сотни килограммов наркотиков. Таким образом, два из трех основных маршрутов наркотрафика пролегали через территорию Республики Кыргызстан.
Вовлечение территории и населения Кыргызской Республики в незаконный оборот наркотических средств в том глобальном масштабе, тенденции которого стали очевидными, влекло за собой угрозу национальной безопасности, с которой справиться самостоятельно республика не имела возможности.