К 1988 г. ИБА южных округов, как и все ВВС, претерпела ряд преобразований. Почти сразу же после начала афганской войны в авиации начались радикальные организационные реформы, начало которым положил Приказ МО СССР от 5 января 1980 г., призванный свести «под одни знамена» ВВС и сухопутные войска с целью повышения их взаимодействия. В результате, силы фронтовой авиации были реорганизованы в ВВС военных округов, в которые вошла и авиация ПВО. Теперь они подчинялись командованию округов, что и привело к созданию собственно ВВС 40-й армии. Кроме того, Приказом МО СССР от 21.08.84 г. были созданы Главные Командования направлений, в которых имелись свои Управления ВВС, а ударные силы бомбардировочной авиации собрали в объединения централизованного подчинения – Воздушные Армии оперативного назначения (ВА ВГК ОН) и стратегического назначения (ВА ВГК СН). Созданное ГК Южного направления, со штабом в Баку, курировало ТуркВО и САВО, а также деятельность 40-й армии в Афганистане.
Такая структура оказалась чрезмерно сложной, децентрализованной и далекой от армейского единоначалия, что, в конце концов, дало обратный задуманному начинанию эффект – снижение потенциала имевшихся в наличии сил. Окружная организация была крайне непопулярной среди самих авиаторов, попавших под начало к «краснопогонному» командованию. Далекое от авиационной специфики – объемных работ на сложной технике и поддержания летной выучки, – на низовом уровне оно часто подменяло ее «углубленным изучением уставов» и излюбленной строевой подготовкой.
Летом 1988 г. порочность такой системы была признана Советом Обороны, восстановившим объединение сил ФА в Воздушные Армии, подчинявшиеся ГК ВВС. К этому времени ТуркВО и САВО слились в один округ, унаследовавший наименование САВО, однако перенесший штаб в Ташкент. Соответственно, авиачасти вошли в состав ВВС САВО (за исключением некоторых переданных под начало ВГК и подчинявшихся штабу Южного направления). С отходом от окружного подчинения они получили статус "ВВС на территории САВО». Полностью же волна перемен сникла уже после окончания афганской войны, когда 28 февраля 1989 г. была восстановлена 73-я Воздушная Армия со штабом в Ташкенте.
К 1988 г. в округе имелись пять полков ИБА в составе двух авиадивизий. Три из них (136, 156-й и 217-й АПИБ), прошедшие Афганистан, были укомплектованы Су-17 разных модификаций, а два (129-й и 134-й) летали на МиГ-27. Примечательно, что такое же соотношение «два к трем» соответствовало и общим количествам этих машин в наших ВВС, имевших около 800 МиГ-23БН/МиГ-27 и несколько более 1200 Су-17.
129-й и 134-й АПИБ на МиГ-27 к осени 1988 г. входили в 24-ю АДИБ. Дивизия также завершила многоступенчатую реорганизацию: прежде она была смешанной (САД), представляя собой «сборную солянку» из почти всех видов фронтовой авиации и включала ИАП, АПИБ и БАП. После «разгрузки» и переподчинения части авиаполков, дивизия сохранила 129-й АПИБ, базировавшийся в Талды-Кургане (в просторечии именовавшемся «Талдыком») и была пополнена 134-м АПИБ из Жангизтобе, куда вскоре перебрался и штаб самого соединения.
Части довольно долго довольствовались старой техникой – перевооружение «тыловых» округов традиционно осуществлялось во вторую очередь, что изменилось лишь с обострением обстановки на южных рубежах СССР. 129-й АПИБ до 1975 г. летал на МиГ-17, которых сменили МиГ-21ПФМ, но уже в 1979 г. получил МиГ-27. Впрочем, у соседей дела обстояли не лучше – вступивший в боевые действия в Афганистане в числе первых, 136- й АПИБ начал воевать тоже на МиГ-21ПФМ. Вскоре положение было оперативно исправлено и, в соответствии со стратегией укрепления южного направления, полки начали перевооружать на новую технику, параллельно сводя их в мощные соединения с упором на ударные возможности (прежде в округах преобладали истребители-перехватчики).
Процесс шел не без неразберихи: в некоторых частях при переводе в ИБА и БА за два – три года сменялось по несколько типов самолетов. Переучивание на каждый занимало много времени и достижение боеготовности затягивалось. Так, тот же 136-й АПИБ, уже весной 1980 г. пересев с МиГ- 21 ПФМ на МиГ-21 СМ, без задержки через год сменил их на Су-17МЗ. Соседний, 156-й ИАП, входивший в состав 17-й ИАД ПВО. сменил специфику более радикально, перейдя летом 1981 г. в состав 34-й АДИБ и получив взамен перехватчиков Су-15 истребители-бомбардировщики Су-17МЗ.