Дело в том, что руководство НКАП систематически недовыполняло план по «сухопутным» самолетам, строительство которых считалось приоритетной задачей. Кроме того, заводу №126 с огромными трудностями давалась даже основная, колесная, модель бомбардировщика, а потому руководству завода было попросту не до поплавкового варианта нового двухмоторника. Последний раз вопрос о серии ДБ-ЗПТ ставился в конце 1939 г. – в план завода на 1940 г. включили 30 ДБ-ЗПТ. Хотя результат был аналогичен предыдущим годам, но несмотря на это, в 1940 г. ОКБ-39 предложило усовершенствованный вариант гидроплана. Поплавки «Шорт» сменили на поплавки ЦАГИ, увеличенного объема и с несколько иными обводами. Изменили крепление съемного трапа и буксировочной тележки. Испытания проводились в Севастополе в июне 1940 г. по сокращенной программе. Взлет и посадка на волну высотой 0,2-0,5 м оказались мягче, чем со старыми поплавками, но это уже не оказало никакого влияния на судьбу самолета. Сложилась поистине революционная ситуация, когда «верхи не могли, а низы не хотели». Необходимо отметить, что руководство морской авиации не осознавало тех революционных изменений, которые произошли в самолетостроении во второй половине 30-х годов, но его поправила сама жизнь – в данном случае «саботаж» со стороны НКАП. От серийного производства ДБ-ЗПТ отказались. Единственный построенный экземпляр ДБ-ЗПТ остался в НИИ ВВС ВМФ и использовался для различных экспериментов. В июле 1941 г. он еще был там, но вскоре, очевидно при переводе института в Астрахань, списан.
По просьбе НК ВМФ параллельно с созданием поплавкового торпедоносца ОКБ- 39 занимались и торпедоносной модификацией обычного колесного ДБ-3. В марте 1937 г. УВВС распорядилось выделить в сентябре один ДБ-3 для Остехбюро, занимавшегося разработкой специальных морских видов оружия. Там самолет должны были оснастить мостом для подвески авиаторпеды 45-36АВА и специальным прицелом. Серийные ДБ-ЗТ являли собой ДБ-ЗА с моторами М-86, торпедным мостом Т-18, позволявшим нести одну торпеду типа 45-36АН или 45-36АВА или мину МАВ-1 на минодержателе МД-39. Груз во всех случаях размещался открыто под фюзеляжем, поэтому по скорости торпедоносец несколько уступал бомбардировщику, но существенно превосходил поплавковый вариант. Выяснить возможности новых торпедоносцев планировалось в ходе войсковых испытаний, которые должны были пройти в 35-й минно-торпедной эскадрилье в Евпатории, но никаких документов об этом найти не удалось. Впрочем, и без этого было очевидно, что ВВС флота получили вполне боеспособную и современную машину.
Уже на начальном этапе освоения выяснились некоторые недостатки самолета в новом качестве. Как уже говорилось выше, подвеска торпед и мин на ДБ-3 была наружной, но поскольку скорость и высота полета у него были значительно больше, чем у ТБ-1 а или Р-5Т, то соответственно возрастала и вероятность замерзания в воздухе масла в механизмах – этим недостатком страдали все образцы авиаторпед в условиях низких температур. Оптимальным являлось бы размещение груза в бомбоотсеке, но он был слишком короток даже для 250-кг авиабомб, не говоря уже о таких «длиномерных» изделиях, какими являлись низковысотные авиаторпеды 45-36АН (длина – 5,7 м), не говоря уже о высотных 45-36АВА с их парашютами.
В качестве альтернативы в 1938 г. предложили вариант ДБ-ЗТ с подфюзеляжным отсеком – контейнером для торпеды. Он обогревался теплым воздухом, нагревавшимся от выхлопных газов. Торпеде стало гораздо теплее, но за все приходится платить, а потому летные данные машины серьезно ухудшились. Контейнер создавал добавочное аэродинамическое сопротивление,значительным был и его вес, что тоже не способствовало росту летных данных. Кроме того, габариты контейнера не вмещали единственную тогда советскую авиамину МАВ-1, а потому в серию это новшество не пошло.