Однако, результаты хотя и мирного, но явно поспешного раздела страны начали сказываться очень быстро, так как молодое государство отрезало Эфиопии выход к морю, получив контроль над обоими основными портами прежней Эфиопии – Массауа и Ассабом. После чего эритрейцы тут же взвинтили транзитные пошлины, а затем ввели собственную валюту, попытавшись навязать Эфиопии невы- . годные взаиморасчеты по курсу 1:1. К маю 1997 г. пошлины и сборы, уплачиваемые за грузы, транспортируемые из порта Асэб в Эфиопию, составили около 20% всех поступлений в бюджет Эритреи и продолжали возрастать! Понятно, что в этих условиях отношения между двумя странами не могли оставаться нормальными, тем более, что на многих участках стороны так и не нашли времени четко определить границы друг с другом.
Сначала разгорелся спор по поводу принадлежности так называемого «треугольника Йирга» – территории, расположенной в междуречье Тэкезе и Мэреба (Гаша), но детонатором конфликта послужили инциденты в провинции Быдыме (административный центр Бадме), находящейся примерно в 180 км к востоку от Судана. После падения режима Менгисту Хайле Мариама и некоторой нормализации обстановки внутри страны многие эфиопские партизаны переселились в Быдыме, где занялись фермерством, постепенно вытесняя проживавших там эритрейцев. Доля населения последних довольно быстро снижалась, что дало моральный повод эфиопским властям (в свете введения Эритреей тяжелых транзитных пошлин) отдать приказ вооруженным силам очистить провинцию Быдыме от остатков эритрейцев, которых начали попросту выдворять за пределы спорной зоны. В октябре 1997 г. Эфиопия выпустила официальную карту, на которой большая часть провинции была обозначена как эфиопская территория, а в ноябре торговые отношения между двумя странами были прерваны.
Пойти на открытую конфронтацию тогда стороны не решились и создали совместную комиссию, которая регулярно устраивала заседания поочередно в столицах обеих государств -Аддис-Абебе и Асмэре. В результате, большого внимания данный инцидент не привлек, тем более, что двухсторонние консультации продолжались и, казалось, что проблема будет исчерпана по итогам очередного заседания, намеченного на 8 мая.
Между тем, эфиопы продолжали постепенно вытеснять эритрейцев из Быдыме и 6 мая 1998 г., в ответ на выселение эфиопской милицией с окраин Бадаме очередной группы крестьян, местное отделение эритрейской полиции отправило на помощь беженцам подразделение из 12 человек, командир которого «решил сразу взять быка за рога» и отдал приказ атаковать. Обе стороны признают тот факт, что прежде чем открыть огонь, эфиопские военные предложили эритрейцам покинуть место конфликта, но поскольку это предложение было проигнорировано, началась схватка, в ходе которой эритрейцы потеряли семь человек, включая командира подразделения.
Через несколько часов Эритрея объявила частичную мобилизацию и выдвинула три пехотные бригады, поддержанные ротой танков (13 машин), которые полностью оккупировали посёлок Быдыме, выбив оттуда после короткого боя эфиопскую полицию и пограничников, потерявших от 16 до 20 человек убитыми, два десятка ранеными и еще 24 человека попали в плен. В ходе предпринятого эритрейцами штурма в посёлке были разрушены семь зданий – несколько школ, больница и другие общественные учреждения.
На следующий день, 13 мая, Совет министров Эфиопии собрался на внеочередное заседание и по итогам рассмотрения сложившейся на границе обстановки обратился к властям сопредельного государства с требованием о безоговорочном выводе эритрейских войск с захваченной ими территории. В тот же день национальная авиакомпания «Эфиопские авиалинии» (Ephiopian Airlines) приостановила полёты в Асмэру и Асэб, а два торговых судна под эфиопским флагом были направлены вместо эритрейского порта Асэб в йеменский Джибути.
14 мая кабинет министров Эритреи, в свою очередь, опубликовал официальное заявление, в котором обвинил власти Эфиопии в «непрекращающихся нарушениях границы» и призвал к скорейшему проведению переговоров при посредничестве третьей стороны с цепью делимитации межгосударственной границь. и последующей демилитаризации прикраничных районом. Посол Эритреи в Эфиопии охарактеризовал пограничный инцидент в районе Быдыме как «достойный сожаления» и при этом заявил представителям международных СМИ, аккредитованным в Аддис-Абебе, что «на всём протяжении эритрейско-эфиопской границы существуют, как минимум, пять-шесть спорных участков, «государственную принадлежность которых можно определить только при участии международного арбитража».