В то же время прибытие 21 августа в Рабаул 6-й истребительной авиагруппы заметно усилило группировку японской истребительной авиации, поскольку эта часть заменила отправленную на Новую Гвинею 2-ю авиагруппу, оснащенную истребителями А6М моделей 22 и 32, имевших более мощные двигатели и меньшую емкость бензобаков, что исключало возможность их использования в боях за Гвадалканал. Лишь передислоцировав эту группу на Новую Гвинею в район Буна, японцы получили возможность использовать модернизированные «Зеро» начиная с 12 сентября в борьбе за господство воздухе над Гвадалканалом. Помимо этого, в середине сентября из Кендари в Рабаул перебазировался 21 А6М 3-й авиагруппы, начавшие с начала октября совершать почти ежедневные вылеты в район Гвадалканала.
Как бы там ни было, но 30 августа экипажи японских бомбардировщиков смогли потопить внезапной атакой шедший самостоятельно и уже возвращавшийся с Гвадалканала американский быстроходный транспорт «Колхаун» (1020 бр.т) переданный из старого четырехтрубного эсминца (так называемый «флэш- дэкер»). Еще несколько судов и боевых кораблей были повреждены, но в целом это почти не сказалось на темпах доставки подкреплений на остров.
Тем временем японское командование продолжало наращивание авиационной группировки, и уже 2 сентября в Рабаул с Маршалловых островов прибыла эскадрилья из авиагруппы «Читосэ» в составе девяти G4M. Уже через день она была брошена в бой, однако ей пришлось вернуться не выполнив задания из-за плохой погоды, а потому первый полноценный боевой вылет авиагруппа «Читосэ» выполнила только 7 сентября, нанеся бомбовый удар по Порт Морсби. До 23 сентября эта группа сделала 43 самолето-вылета, шесть раз бомбив Гвадалканал и дважды – Порт Морсби. Для усиления базовой авиации 23-го числа прибыла на аэродром Вунаканау из Кендари на о. Целебес авиагруппа «Такао» (27 самолетов G4M), а за неделю до этого, 16 сентября, в Кавиенг с острова Суматра были переброшены три эскадрильи (27 самолетов) G4M авиагруппы «Каноя», ранее осуществлявшие патрулирование Индийского океана.
Таким образом, развернутые к концу сентября только в Рабауле силы бомбардировочной авиации в составе пяти авиагрупп – 4-й, «Кисарацу», «Мисава», «Читосэ» и «Такао» насчитывали 108 самолетов, однако боеготовыми являлись на тот момент лишь 62. Интенсивные боевые действия в августе привели к значительному сокращению самолетного парка и экипажей, в особенности в группах «Мисава» и «Кисарацу», а 4-я авиагруппа в результате двухмесячных боев потеряла 40 самолетов и большое число экипажей, что привело к ее расформированию 26 сентября. Все это способствовало тому, что тактика применения базовых бомбардировщиков изменилась; в дневное время удары наносились разрозненными мелкими группами при сильном истребительном прикрытии над целью, однако наиболее предпочтительными считались атаки в вечерних или предрассветных сумерках, а также ночью.
Основной причиной серьезных потерь японской базовой авиации явилось невозможность (по примеру американцев) оперативного создания передовых авиабаз на подступах к Гвадалканалу, что приводило к неоправданным потерям истребителей и пикировщиков, зачастую летавших на пределе дальности, а кроме того, оставляло мало шансов экипажам поврежденных машин добраться до своих. Ко всему прочему, на эффективности действия авиации сказывалось отвратительное состояние большинства ВПП полевых аэродромов и дорог, превращавшихся в болото после любого дождя. Нехватка строительной техники, материалов, огромные расстояния до баз снабжения, примитивные бытовые условия как у летного состава, так и у наземного персонала и т.п. приводило к снижению качества обслуживания авиатехники и, следовательно, к высокой аварийности. Особо следует отметить ужасающую по своей недальновидности практику бросать на произвол судьбы сбитые экипажи: японское командование предпочитало не рисковать своими тяжелыми летающими лодками Н6К, а машин типа американской «Каталины» на вооружении не имелось. Все это в скором времени не замедлило сказаться на ходе борьбы в воздухе, да и на исходе всей кампании.