В отдельную книгу могло бы вылиться описание всех недостат ков, вскрывшихся в организации боевой подготовки и борьба за их устранение. Наиболее ёмко картина недостатков отражена в «Выводах из опыта боевых действий ВВС КБФ», приведенных в Приложении. Для решения возникших проблем были использованы все возможные средства, но здесь нужно принимать во внимание ряд вещей, объективно затруднявших достижение положительного ре зультата. Во-первых, боевые уставы и программы подготовки авиаторов оставались те же, что и до зимней войны. Таким образом, обучение «по-новому» зависело исключительно от степени подготовленности и уровня понимания задачи самим командным соста вом той или иной части. Новые «Боевой устав бомбардировочной авиации 1940 г.» (БУБА-40) и «Боевой устав истребительной авиа ции 1940 г.» (БУИА-40) появились в войсках только накануне войны с Германией и просто не успели изменить положения. Во-вторых, традиционная для нашей армии нехватка тренажеров, материальных средств и другого специального учебного оборудования. Так, на уже упомянутом совещании руководящего состава командующий ВВС ЛВО А.А.Новиков жаловался на то, что в его округе на 823 молодых летчика приходится всего чуть более 20 «спарок» УТИ-4, на которых можно проверять индивидуальные качества молодых пилотов опытному летчику-инструктору. В-третьих, отработать слетанность и другие вопросы групповой подготовки экипажей в условиях интенсивного развертывания все новых и новых авиачастей оказалось практически невозможно. В своем выступлении А.А.Новиков говорил: «Прежде всего, нужно стабилизировать наши летные части. Ведь не случайно в стабильных полках происшествий меньше, и подготовлены они значительно выше и лучше. Взять к примеру, 44-й полк. Он наиболее стабильный в округе, в результате – и происшествий не имеет, и летает хорошо, и выполняет боевые задания неплохо. И все это потому, что его не раздергивали. Полк в течение года стабилизировался, из него кадры не брали, в то время, когда текучесть по другим летным частям округа доходит до 70-80 процентов, то есть по существу приходится совершенно заново сколачивать и обучать части как вновь формируемые». В-четвертых, некоторые меры, предпринятые командованием для наведения порядка в войсках, были встречены авиаторами, мягко говоря, неоднозначно. Так, в конце 1940 г. было введено в действие новое «Положение о прохождении службы летно-техническим составом ВВС Красной Армии». Его инициатор П.В.Рычагов, объясняя трудности и недостатки в жизни и деятельности строевых авиационных частей тем, что они «сильно загружены командным составом», предложил отнести весь летный и технический состав, занимавший должности ниже командира эскадрильи, к категории младшего начальствующего состава, установив для него четырехлетний срок действительной военной службы. Соответственно летные и технические школы должны были перестроить свою работу на выпуск не лейтенантов, а сержантов. По мнению В.С.шумихина, перевод летчиков и техников на казарменное положение, выселение их семей из гарнизонов снизило политико-моральное состояние частей, уровень воинской дисциплины. Резко сократилась тяга молодежи к авиации.
Определенные изменения претерпела и организационно-штатная структура ВВС. Как уже говорилось, авиационные армии расформировывались. Им на смену пришли управления ВВС округов, штабы ВВС армий, часть авиачастей и авиасоединений выделялась непосредственно в распоряжение Главного командования – сюда входили, прежде всего, полки ДБА. Для повышения мобильности авиации авиационные базы отделялись от боевых полков и несколько укрупнялись. Основным же стал переход с бригадной на дивизионную систему организации, что позволяло значительно сократить управленческий аппарат, поскольку в дивизию входило три – четыре, а иногда даже пять – шесть авиаполков, вместо двух – трёх в старых бригадах. Вместе с тем вошло «в моду» формирование смешанных авиадивизий, состоявших из бомбардировочных, истребительных и штурмовых полков. Считалось, что такие соединения смогут эффективно влиять на развитие обстановки во фронтовой зоне и будут подходящим инструментом воздушной поддержки для командующих армиями. Из 61 дивизии, имевшихся в ВВС к лету 1941 г., 34 являлись смешанными, 18 истребительными и девять – бомбардировочными. Практика войны отвергла эти новации, заставив объединить всю авиацию фронта в единых руках и четко разделить соединения по родам сил, оставив лишь по одному истребительному полку в дивизиях штурмовиков и бомбардировщиков.