Реформация пошатнула позиции католической церкви. В результате создания национальных протестантских церквей (гуситской в Чехии, кальвинистской в Швейцарии, лютеранской в Германии, англиканской в Англии и др.) католическая церковь потеряла миллионы верующих. Однако она нашла в себе силы объединиться и пойти в наступление, с тем чтобы восстановить утраченные позиции. Новую церковную политику в условиях Реформации определил Тридентский собор 1545–1563 гг.
Католические монашеские ордены наделялись большими земельными владениями с крепостными крестьянами, получали денежные суммы на свои нужды. Они находились под патронатом властей Речи Посполитой и польских королей. Например, Стефан Баторий говорил о себе: «Если бы я не был королем, был бы иезуитом». Иезуитским королем называл себя польский король Сигизмунд III Ваза.
Проповедники ордена заполнили книжный рынок Беларуси печатной продукцией, в которой дискредитировались православная и протестантская церкви и пропагандировалось католическое вероучение. Скоро в Вильно и других местностях ВКЛ запылали костры из православных и протестантских книг. Чтобы привлечь на свою сторону местное население, иезуиты открывали аптеки, госпитали, пристанища для бедняков. Все это дало свои результаты. Постепенно католичество начало вытеснять кальвинизм, лютеранство, арианство и другие протестантские течения. Литовско-белорусская знать, втянутая ранее в реформационное движение, переходила в лоно католической церкви. Приняли католичество четверо сыновей «отца Реформации» Николая Радзивилла Черного, дети и внуки «столпа православия» Константина Острожского. М. Смотрицкий в произведении «Фринас» (1610) перечисляет 47 имен православных магнатов, которые приняли тогда католичество. В конце XVII в. Контрреформация в Великом Княжестве Литовском победила. На смену Контрреформации на рубеже 30-40-х гг. XVIII в. пришла эпоха Просвещения.