Значительных результатов в изучении проблемы пола и полового процесса у грибов достиг немецкий ученый, основоположник современной микологии и фитопатологии Антон де Бари.
Научную деятельность де Бари начал очень рано, еще будучи студентом-медиком. В 22-летнем возрасте сделал свое первое научное открытие. Он установил грибную природу головни и доказал, что паразитные грибы не следствие, а причина болезни растений.
Так же, как и Тюлан, де Бари развивал в микологии онтогенетическое направление и проделал большую работу по изучению циклов развития представителей миксомицетов, оомицетов, зигомицетов, сумчатых, головневых, ржавчинных, высших базидиальных грибов. Он создал первую филогенетическую систему грибов.
Де Бари открыл половой процесс у фикомицетов и сумчатых грибов. У представителей семейств сапролегниевых и перонаспоровых проследил за образованием и развитием половых органов — оогониев и антеридиев и описал процесс оплодотворения (1861). Он наблюдал за внедрением оплодотворяющего отростка антеридия в оогоний и яйцеклетку. Однако сам процесс оплодотворения он в эти годы представлял еще неправильно. Он считал, что оплодотворение у пероноспоровых и сапролегниевых происходит диффузионным путем через замкнутую оболочку оплодотворяющего отростка антеридия. Аналогичным образом, т. е. через замкнутый конец пыльцевой трубки, трактовалось тогда и оплодотворение у семенных растений. Позже под влиянием работ И.Н. Горожанкина о половом процессе у хвойных де Бари пересмотрел свои прежние воззрения и установил у фикомицетов переход содержимого оплодотворяющего отростка антеридия в яйцеклетку.
Де Бари впервые указал на половую природу плодовых тел сумчатых грибов. Изучив развитие плодового тела с ранних стадий его заложения, он открыл уже имеющиеся там половые органы — женский — архикарп, названный им аскогоном, и мужской — полинодий (по современной терминологии, антеридий). Де Бари пришел к заключению, что в подовое тело с сумками может развиваться не только в результате оплодотворения, но в ряде случаев и из неоплодотворенного аскогона, т. е. путем апомиксиса. Результаты своих многолетних исследований по сравнительной морфологии и биологии почти всех групп грибов и бактерий де Бари изложил в Монографии, которая вышла в свет в Лейпциге в 1884 г.
Онтогенетическое направление, заложенное, в микологии трудами де Бари, продолжали О. Брефельд, Э. Шталь и другие в Германии, М.С. Воронин, О.В. Баранецкий, А.А. Ячевский в России, Э. Фишер в Швейцарии.
Особенно серьёзное влияние на разработку проблемы пола у грибов оказал М.С. Воронин. Он исследовал историю развития сумчатых грибов и обнаружил, что у их представителя —
Сравнительно-эмбриологические труды Гофмейстера по архегониальным и покрытосеменным растениям и открытие полового процесса у низших растений (водорослей и грибов) еще более пошатнули и без того уже разрушенное здание теории Шлейдена, утверждавшей, что половая дифференциация в мире растений отсутствует. Окончательный же удар воззрениям поллинистов был нанесен в 1856 г. исследованиями Л. Радлькофера по оплодотворению у явнобрачных. Радлькофер полностью подтвердил данные Амичи и Гофмейстера относительно возникновения зародыша у покрытосеменных растений. На большом экспериментальном материале по эмбриологии многочисленных представителей из самых различных семейств цветковых растений — молочайных, заразиховых, колокольчиковых, норичниковых и других — он отчетливо показал, что зародыш возникает не из кончика пыльцевой трубки, как это утверждали поллинисты, а под ее воздействием из зародышевого пузырька, существующего к моменту оплодотворения внутри зародышевого мешка.
Своими точными микроскопическими исследованиями Радлькофер немало способствовал и выяснению вопроса о происхождении подвеска. Он доказал, что подвесок не является продолжением пыльцевой трубки, как это думали некоторые ботаники, а представляет собой новое образование, возникшее из оплодотворенной яйцеклетки.
В 1856 г. Шлейден и Шахт, убедившись в ошибочности своих суждений, признали, наконец, себя побежденными: Шлейден под влиянием изысканий своего бывшего ученика Радлькофера и открытия Прингсгеймом полового процесса у водорослей; Шахт же после тщательного исследования строения семяпочки и процесса оплодотворения у гладиолуса. Шлейден вскоре после этого оставил исследовательскую работу в области ботаники, покинул Иенский университет и занялся научно-популяризаторской деятельностью.