Определенное сходство с нынешними западными достижениями все-таки было. При Сефевидах государственной религией Ирана стала новая форма шиизма "двунадесятников", что положило начало беспримерной вражде между шиитами и суннитами. До той поры у шиитов было довольно много общего с более образованными и мистически настроенными суннитами, однако в XVI столетии ислам распался на два противоборствующих лагеря, а происходившие в мусульманском мире события очень напоминали, к сожалению, европейские религиозные войны эпохи Реформации. В 1503 году шах Исмаил, основатель государства Сефевидов, захватил Азербайджан и распространил свою власть на Западный Иран и Ирак. Он намеревался стереть суннизм с лица земли и с неслыханной жестокостью навязывал шиизм своим поданным. Самого себя Исмаил считал Имамом своего поколения. Эти события имели много общего с протестантской Реформацией в Европе: оба движения опирались на глубинный протест, оба были направлены против аристократии и ставили цель утвердить монархические правительства. Реформированный шиизм упразднил существовавшие на его территории суфийские братства - примерно теми же способами, какими протестанты избавлялись от монастырей. Неудивительно, что события в государстве Сефевидов вызвали соответствующую реакцию у суннитов Оттоманской империи, и те принялись угнетать шиитов на своих землях. Одновременно турки-оттоманы, видевшие в себе главную силу недавних священных войн против европейских крестоносцев, начали притеснять и своих подданных-христиан. Не следует, впрочем, думать, будто иранская знать состояла из одних лишь фанатиков. Улемы Ирана относились к обновленному шиизму с глубоким недоверием; в отличие от своих коллег-суннитов, они отказывались "закрыть врата иджтихада" и отстаивали свое право толковать ислам независимо от воли шахов. Те же улемы не приняли династию Сефевидов - а позже и Каджаров - как правопреемников Имамов. Вместо этого ученые объединились с простым народом, выступили против власти и стали вождями уммы в восстаниях против монаршего произвола в Исфахане и Тегеране. Шиитские улемы ввели обычай отстаивания прав купцов и бедняков при посягательствах шахов; намного позже, уже в 1979 году, этот обычай позволил народу сплотиться и свергнуть коррумпированный режим Мухаммеда Реза-шаха Пехлеви.
Кроме того, иранские шииты разработали собственную фалсафу, в которой продолжили мистические традиции Сухраварди. Мир Дамад (ум. в 1631 г.), основоположник этой фалсафы, был и ученым, и богословом. Божественный Свет он отождествлял с просветленностью таких символических фигур, как Мухаммад и Имамы. Подобно Сухраварди, Мир Дамад отводил особое место неосознаваемому психологическому аспекту религиозных переживаний. Однако вершин этой иранской школы достиг ученик Мир Дамада - Садр ад-дин Ширази, которого принято называть Мулла Садра (ок. 1571-1640 гг.). Многие мусульмане и по сей день считают его самым глубоким мыслителем ислама и утверждают, что в его трудах во всей полноте выражен сплав метафизики и духовности, ставший характерной чертой мусульманской философии. На Западе Мулла Садра становится известен только сейчас; на английский язык переведен пока лишь один из его трактатов.
Мулла Садра, как и Сухраварди, считал, что познание - не просто накопление сведений, а преображающий процесс. Решающее значение для его построений имела концепция алам ал-митхал, введенная Сухраварди; Мулла Садра тоже считал видения и сны высшим откровением истины. Иранский шиизм до сих пор видит в мистицизме главное средство постижения Бога, а чистой науке и метафизике уделяет значительно меньше внимания. Мулла Садра учил, что цель философии - подражание Богу, приближение к Нему, и потому ее нельзя ограничивать рамками того или иного вероисповедания. Как показал еще ибн Сина, подлинным бытием (вуджуд) обладает лишь Бог, единственная Высшая Реальность, которая объемлет все - от Божественного мира до праха земного. Мулла Садра не был пантеистом. Он просто считал Бога источником всего сущего: все, что мы видим и ощущаем, - лишь сосуды, вмещающие конечную частичку Божественного Света. В то же время Бог выше повседневной действительности. Единство всего сущего нельзя понимать так, что на свете существует только Бог, - это скорее единство солнца с исходящими от него лучами. Подобно ал-Араби, Мулла Садра отличал сущность Бога, или "Слепоту", от Его разнообразных проявлений - в этом взгляды Муллы Садры были сходны с представлениями каббалистов и греков-исихастов. По системе Муллы Садры, весь космос исходит от "Слепоты" и образует "единый самоцвет" со множеством граней, которые соответствуют, так сказать, ступеням самооткровения Бога в Его атрибутах, или "знамениях" (айат). Помимо прочего, эти ступени воспроизводят этапы возвращения человека к Источнику Бытия.