Одним из значительных теоретических памятников, суммирующих и обобщающих опыт XVI в., явился «Ключ знаменной» инока Христофора — насельника Кирилло-Белозерского монастыря. Написанный в 1604 г. «Ключ знаменной» включает в себя в качестве разделов почти все виды предшествующих теоретических памятников, а также содержит некоторые элементы и приемы, которые получили развитие на более поздней стадии эволюции знаменной системы. Особый интерес представляют разделы, в которых дается параллельное изложение путевых и знаменных попевок, а также приводятся таблицы, переводящие знамя путевое в знамя знаменное. Это свидетельствует о том, что русский распевщик XVI в должен был свободно владеть всеми нотационными системами древнерусских распевов.
Произошедшая в XVII в. утрата остроты понимания противоположности и несовместимости богослужебного пения и музыки привела к тому, что в русскую певческую теорию начина ют проникать музыкальные начала. С наибольшей яркостью это проявилось во введении киноварных помет. Киноварные поме ты, называемые по-другому зарембами или шайдуровыми пометами (от Иоанна Шайдурова, которому приписывается изобретение этих помет), появились в первой половине XVII в. и представляли собой специальные значки, приписываемые красными чернилами впереди каждого знамени для обозначения его точной высоты. Основой начертаний киноварных помет стали первые буквы названий звуковысотных уровней звукоряда строки: «мало повыше» — «м», «паки повыше» — «п», «вельми паки» — «в» («в» по скорописному написанию XVII в. — «ИГ»). Введение киноварных помет закрепляло за каждым зву-ковысотным уровнем определенный звук музыкального звукоряда. За «строкой» был закреплен звук «ми», за «мало повыше строки» —- звук «фа», за «паки повыше» — «соль» и т.д.
В результате звукоряд ступаний превратился в звукоряд ступеней, относительные уровни превратились в конкретные музыкальные звуки, и сам звукоряд строки стал церковным обиходным звукорядом, известным нам по сей день и состоящим из двенадцати звуков, разделенных на четыре согласия: простое, мрачное, светлое и тресветлое. В отличие от семиступенных музыкальных звукорядов, в которых каждый восьмой звук явля ется повторением первого и семиступенность которых восходит в конечном итоге к астрологическому принципу семи планет, русский обиходный звукоряд есть звукоряд трехступенный, в котором каждый четвертый звук представляет собой повторение первого, и эта триступенность есть отражение принципа троичности и исповедания Пресвятой Троицы. Таким образом, несмотря на сползание русской теоретической системы в область музыки в связи с введением киноварных помет, обиходный звукоряд все же остается еще в духовном смысле явлением более высоким, чем музыкальные звукоряды, ибо в самой его структуре заложена идея служения не твари, но I ворцу.
Дальнейший путь наступления музыкальной системы на систему богослужебную привел постепенно к проблеме полной замены богослужебной системы системой музыкальной. Проблема эта нашла отражение в особых рукописных памятниках, называемых двознаменниками. В этих памятниках мелодии богослужебных песнопений или их отрывки излагались одновременно двумя различными способами: крюковой и пятилинейной нотацией. Параллельное крюково-нотолинейное изложение напевов отнюдь не означало равноправного сосуществования двух различных систем. Предметом и назначением двознаменников являлась пропаганда западной нотно-музыкальной системы, ее распространение и внедрение в сознание, воспитанное ранее на началах знаменной богослужебной системы. Труднодоступные для понимания русского распевщика XVII в. основы музыкальной системы разъяснялись через хорошо знакомые ему положения и элементы той системы, в которой он был воспитан изначально. То, что двознаменники служили средством для переключения из системы в систему, сыграло решающую роль в деле исследования древнерусской певческой системы, ибо именно двознаменники послужили тем мостом, благодаря которому пионеры русской медиевистики — ученые XIX в. смогли начать конкретное изучение древнего пения. Если для древнерусского распевщика двознаменник служил средством познания музыкальной системы, то для современного исследователя тот же двознаменник представляет собой путь познания знаменной системы. Вот почему двознаменные памятники и двознаменные азбуки, из которых самой известной, очевидно, является двознаменная азбука Тихона Макарьевского «Ключ разумения», имеют столь важное научное значение. Ведь без них нам никогда не удалось бы проникнуть в тайны древнерусского пения.