Просачивание колонистов в долины, лежащие выше бассейна Амазонки, началось в значительных размерах лишь во второй половине XVII в. В авангарде шли монашеские ордена, главным образом иезуиты и кармелиты. Здесь не место рассматривать вопрос о том, какие цели воодушевляли этих миссионеров: стремление ли обратить в истинную веру языческие души, или же иные намерения более практического свойства, о которых они открыто не заявляли. Что касается иезуитов, то несомненно, что у них в Америке были планы грандиозных масштабов: основать там могучую державу католической церкви и стать во главе ее. Иначе нельзя понять из систематических и упорных усилий (которые частично принесли свои результаты) завладеть всей внутренней частью южноамериканского континента. Иногда смысла не могла иметь стратегическая линия их миссионерских пунктов, протянутая ими от Уругвая и Парагвая через Мошос и Чикитос-да-Боливия до верховьев Амазонки и Ориноко. Эти миссии, большинство которых состояло из испанцев, а в бассейне Амазонки главным образом из португальцев, представляли в совокупности огромный блок, части которого были органически связаны между собой. Иезуиты не преследовали цели, обычной для всех религиозных миссий, – проложить для европейских колонистов дорогу к туземному населению. В отличие от этого иезуиты всеми доступными им средствами, включая применение силы, отчаянно боролись за сохранение собственной гегемонии, пытаясь оттеснить светских соперников.
Деятельность патеров в Амазонской долине имела крупное экономическое значение. Им принадлежит инициатива освоения этой необозримой территории. Они основали множество своих миссионерских пунктов в этих глухих дебрях, раскинувшихся на тысячи квадратных километров. Им удалось расселить индейцев в поселках, где был установлен строгий режим. Для осуществления этой задачи святые отцы обладали даром убеждения, а также политической ловкостью. Они смогли достигнуть того, на что оказались неспособными светские колонизаторы. Под руководством отцов церкви туземцы послушно сооружали здания миссионерских пунктов: жилые дома, церковь и школу при ней, лавки и склады. По окончании этих предварительных работ часть туземцев использовалась для посадки и выращивания пищевых культур, другая часть посылалась на сбор дикорастущих плодов в лесах, на охоту и рыбную ловлю. Добытое ими шло на экспорт и не только полностью оплачивало содержание миссии, но еще давало значительные барыши, обогащавшие в очень ощутимой степени орден и обеспечивавшие ему в первой половине XVIII в. финансовое могущество и влияние.
Колонистам-мирянам, устремлявшимся вслед за отцами церкви, пришлось встретиться с сильным сопротивлением своих предшественников, и вплоть до середины XVIII в. они не могли ничего добиться. В середине XVIII в. португальская администрация по инициативе маркиза де Помбала, министра короля дона Жозе I, освободилась от влияния иезуитов, игравших до той поры господствующую роль при португальском дворе. Правительство решило повести энергичную борьбу против чрезмерного могущества отцов церкви в Америке, угрожавшего вырвать из-под власти португальского королевства значительную часть его колониальных владений. В 1755 г. власть церковников в туземных миссиях упраздняется. Поселки передаются в распоряжение светских властей, а зa отцами остается лишь их духовная власть. Несколько позднее (в 1759 г.) иезуиты, яростно сопротивлявшиеся секуляризации, были изгнаны из всех португальских владений. Кармелиты и другие ордена, показавшие себя более покладистыми, остались на своих местах.
Реформы маркиза де Помбала на этом не остановились. Рабство индейцев было полностью уничтожено. Они были приравнены во всех своих правах к белым поселенцам, а их труд стал в обязательном порядке оплачиваться деньгами по расценкам, устанавливаемым властями. Все это проводилось под надзором исключительно светской администрации, назначаемой в селения.
Такие радикальные мероприятия не могли быть осуществлены без трений и злоупотреблений со стороны белых. Лица, назначавшиеся для руководства индейцами, во многих случаях превращались в беспощадных эксплуататоров. Но форма эксплуатации, жертвой которой индейцы оставались и впредь, была уже не рабской, хотя в ней и сохранилось еще немало черт, оставшихся от рабовладельческого режима.
После секуляризации туземных поселений колонист-мирянин смог беспрепятственно в них проникать и обосновываться, воспользовавшись изгнанием своих соперников – «святых отцов». Индейцы явились для него дешевой рабочей силой. Почти все современные города в районе Амазонки возникли именно из этих старинных миссионерских поселков.