8 сентября 1798 года русские покинули рейд Константинополя и направились к Габа-Топэ, а 9-го в проливе Дарданеллы к русской присоединилась турецкая эскадра из 4 линейных кораблей, 6 фрегатов, 4 корветов и 14 канонерских лодок под командованием капудан-паши Кадыр-бея. Первой задачей, стоявшей перед Ушаковым, стал захват и организация базы для решения проблемы с ремонтом кораблей, покупкой провианта и вооружения. Подходили Ионические острова (Корфу, Кефалония, Св. Мавра, Итака, Занте, Цериго, Паксо, Фано, Каламо, Меганисси, Касперо, Цериготто, Антипаксо, группа мелких островков Строфады или Стривали), протянувшиеся вдоль побережья Эпира и Мореи. Населенные греками, дружественными русским, обладающие хорошими гаванями (Занте) и сильными крепостями (Корфу и Св. Мавра) — идеальное место для русских кораблей. В свою очередь Нельсон тоже хотел захватить Ионические острова, но, будучи прекрасным адмиралом, англичанин оказался отвратительным дипломатом и сумел настроить Ушакова и турок против себя. Триумфатор Абукира смог немного ослабить союзников-соперников, вытребовав для блокады Александрии отряд капитана 2 ранга Сорокина в составе 2 русских фрегатов («Богородица Казанская» и «Михаил»), 2 турецких фрегатов и 10 турецких канонерских лодок, но не смог отвадить Кадыр-бея и русских от Ионических островов.
Интересно, что Нельсон сразу же с большим неудовольствием воспринял действия Ушакова у Ионических островов и чуть ли не устроил скандал по поводу возможной передачи Мальты царю Павлу. Ведь в декабре 1798 года британский секретарь по иностранным делам В. Гринвил заявил русскому послу в Лондоне С. Р. Воронцову, что «если Павел пожелает получить Мальту», то Англия «с искренним удовольствием на это согласится». В таком же духе проинструктировали и английского посла в Петербурге Ч. Уитворта. «Король отрекается за себя от всякой мысли или желания удержать за собой Мальту как британское владение», — писал ему Гринвил в начале 1799 года. 24 декабря 1798 года английский посол официально информировал Безбородко о предложении лондонского кабинета ввести на Мальту военные гарнизоны трех союзных держав — Англии, России и Неаполя. Поскольку Павел I после отречения магистра фон Гомпеша считался гроссмейстером Мальтийского ордена, ни у кого не возникало сомнений, что при таком раскладе после завоевания Мальты она станет еще одной российской провинцией. Взамен Британия просила союзников разрешить ей вернуть Менорку с Порт-Магоном. Австрия, Неаполь и Россия сразу же согласились. Нельсон же стал одним из наиболее упорных противников идеи Гринвила об установлении совместного с Россией контроля над Мальтой. Он прямо заявлял, что обладание Мальтой «даст большое влияние на Левант и на всю южную часть Италии. Из этих соображений я надеюсь, что мы ее никогда не отдадим». Таким образом, адмирал выступал против собственного правительства! На вопрос «почему?» можно ответить, если открыть переписку Нельсона.
Например, письмо от 9 августа 1798 года, озаглавленное «Консулам Его Британского Величества в их отсутствие в Александретте и Алеппо», или письмо графу Спенсеру от того же числа. Везде упоминаются просьбы скорейшей отплаты каких-то счетов со стороны Ост-Индской компании. Догадались? Ост-Индская компания доплачивала офицерскому составу армии и флота за лоббирование своих интересов на полях сражений. С точки зрения собственно английского правительства вопрос с Ионическими островами и Мальтой не стоил выеденного яйца, а вот с точки зрения Компании вопрос — кто владеет Средиземным морем и Египтом — был бесконечно важен для Совета ОИК. И Нельсон, беспокоясь о своем «нетрудовом» доходе, довольно часто действовал в русле именно политики Компании, а не государства.
А 2 сентября 1798 года Мальта восстала, поскольку коренному населению быстро надоели поборы и издевательства французов. Остров сотрясали голодные бунты. Даже французский гарнизон испытывал трудности со снабжением. Созванное 4 сентября Мальтийское собрание решило поднять флаги Неаполитанского королевства и обратиться к королю Фердинанду с просьбой о помощи. Французский гарнизон маленькой крепости Нотабль (предместья Ла-Валетты) полностью уничтожили, в считаные дни весь остров был полностью очищен от французов, 2700 солдат Республики укрылись в крепости Ла-Валетты. 14 сентября в гавань мальтийской твердыни прибыли спасшиеся после Абукира 74-пушечный корабль «Гильом Телль», а также 40-пушечные фрегаты «Жустис» и «Даян», которые сразу же усилили оборону крепости с моря. Тем не менее восставшие установили сухопутную блокаду Ла-Валетты — получать провиант и порох французы теперь могли только морем.