19 января бомбардирские суда отосланы к Сиракузам для пополнения боеприпасов и посадки на борт еще трех батальонов морской пехоты. Неаполитанские артиллеристы показали свою полнейшую беспомощность — их 9-дюймовые мортиры не раз открывали огонь по своим союзникам. Разозленный кэптен Болл в сердцах однажды заметил: «Если их случайно накроет вражеская батарея, это будет гораздо полезнее для общего дела». Тем не менее канониры Вивона сумели повредить стоявшие в гавани «Гильом Телль», «Жустис» и «Даян», которые были перемещены в гавань Маршамукшетт, расположенную с другой стороны крепости Валетта, вне зоны действия огня британских орудий. 9 февраля Болл пишет Нельсону, что он очень удовлетворен тремя артиллерийскими офицерами, присланными из Мессины. Но уже ко 2 марта, один из них умер от лихорадки, а двое оказались «опасно больны». В том же письме Болл выражал надежду, что Нельсон поспособствует отправке дополнительного количества 13-дюймовых мортир к Ла-Валетте, поскольку это ускорило бы взятие Мальты.
Нельсон же, занятый шашнями с леди Гамильтон, полностью самоустранился от осадных действий. Действия Ушакова при Корфу оказались холодным душем для английского адмирала. «Поведение русских не лучше, чем я всегда ожидал, и я считаю возможным, что они своим поведением принудят турок заключить мир с французами, вследствие еще большего страха перед русскими», — писал Нельсон 27 декабря 1798 года лорду Спенсеру. 10 января 1799 года он пишет Боллу: «Нам тут донесли, что русский корабль нанес вам визит, привезя прокламации, обращенные к острову (Мальте). Я ненавижу русских, и если этот корабль пришел от их адмирала с Корфу, то адмирал — негодяй (he is blackguard)». И злость эту вполне можно понять, ибо успехи Ушакова поднимали для руководства ОИК вопрос — а стоит ли вообще платить адмиралу Нельсону?
Ситуация получалась анекдотической — Ушаков брал одну крепость за другой, Нельсон же сидел со своей любовницей Эммой Гамильтон в Неаполе и интриговал. Именно через Эмму Ост-Индская компания выдала Нельсону 10 тысяч фунтов стерлингов, официально — за уничтожение французского флота у Абукира. А неофициально?
Нельсон и Эмма Гамильтон спровоцировали начало войны между Королевством Обеих Сицилий и Францией. Адмирал впрямую заявил неаполитанскому королю Фердинанду, что ему остается «либо идти вперед, доверившись Богу и Божьему благословению правого дела, и умереть со шпагой в руке, либо быть вышвырнутым (kicked out) из своих владений». В результате 30-тысячное неаполитанское войско под начальством австрийского генерала Мака выдвинулось к Риму, где при первом же столкновении с 15 тысячами французов побежало. Впереди всех несся сам король, достигший Неаполя намного быстрее, чем его войска. Нельсон смог организовать эвакуацию королевской семьи на Сицилию, а французы в январе 1799 года ворвались в Неаполь, где провозгласили образование новой «Партенопейской республики».
Эта оплеуха ничего не изменила в действиях английского адмирала. Он продолжал оставаться при дворе неаполитанского короля, только теперь уже в Палермо, с Эммой и королевой. Более того — он пишет письмо… Ушакову, но не напрямую (ведь он сам недавно высокомерно и пренебрежительно отзывался о русском флотоводце), а через английского посла в Петербурге Уитворта: «Мы ждем с нетерпением прибытия русских войск. Если девять или десять тысяч к нам прибудут, то Неаполь спустя одну неделю будет отвоеван, и его императорское величество будет иметь славу восстановления доброго короля и благостной королевы на их троне». Эти письма из Петербурга пересылаются Федору Федоровичу, а из Палермо на Корфу едет министр Мишеру, уполномоченный Фердинанда. Оказалось, что без армии Суворова и флота Ушакова воевать с французской армией в Италии некому.
Можно сказать, что именно Нельсон привел отряды Ушакова в южную Италию, а капитана Белли в Рим, ибо русские войска и флот оказались главной силой на этом театре военных действий.
Блокада же Мальты англичанами затянулась еще на год. Британцы построили перед стенами Ла-Валетты целую сеть батарей — Сан-Рок, Бори, Коррадино — вооруженных двумя 13-дюймовыми мортирами, двумя 10-дюймовыми мортирами, одной 68-фунтовой тяжелой пушкой, восьмью 32-фунтовыми орудиями, двадцатью 18-фунтовыми, девятью 12-дюймовыми и тридцатью полевыми пушками. В качестве советников на этих батарея присутствовали 2 английских офицера и 27 канониров, что, конечно, было очень мало. До конца года генерал Фокс отправил на Мальту два плавучих госпиталя и полк королевских саперов.