Прежде всего, следовало обеспечить свободное прохождение торговых судов ОИК в самой узкой точке — Молуккском проливе. Для этого нужно было нейтрализовать голландскую Яву, куда не так давно пришла небольшая эскадра коммандера Албенса в составе 40-пушечных «ост-индийцев» «Виктория» и «Батавия», а также 14-пушечного корвета «Виллем».
Чуть ранее, в 1805-м, в Батавию прибыла эскадра вице-адмирала Хартсинка в составе четырех линейных кораблей — 68-пушечных «Плуто» и «Револютие», «Схриквервеккер» (
В июле 1806 года английский адмирал послал к Яве 32-пушечный фрегат «Грэйхаунд» и 18-пушечный шлюп «Харриер» с целью разведки. 26 июля британцы встретили в Маллакском проливе голландский конвой, состоявший из 36-пушечного фрегата «Паллас», фрегата ОИК «Батавия» с грузом пряностей, торгового 8-пушечного брига «Кристиан Элизабэт» и 12-пушечного шлюпа «Бельгика». Англичане энергично атаковали голландцев и захватили все корабли. Кэптен Эльфинстон по-гусарски сближался с голландцами чуть ли не вплотную, и после пары залпов неприятель сдавался.
Повозиться пришлось лишь с фрегатом «Паллас», бой с которым шел полчаса. Англичане потеряли 1 человека убитым и 11 раненными, тогда как голландцы — 12 убитыми и 39 ранеными.
В октябре 1806 года 36-пушечный британский фрегат «Кэролайн» захватил у Явы несколько голландских судов и 18-го числа у Батавии был атакован 36-пушечным голландцем «Мария Риггерберген» при поддержке трех шлюпов («Уильям», «Зее-Плуг» и «Патриот»), а также канонерских лодок. Англичанин дерзко пошел на сближение, не открывая огня и терпя расстрел с дальней дистанции. На 40 ярдах «Кэролайн» развернулся бортом и начал ураганный огонь по голландскому фрегату. Голландцы не выдержали, захлопнули пушечные порты, и через полчаса подняли белый флаг. Остальные же голландцы отошли к берегу под защиту береговых батарей. Семь торговых судов выбросились на берег, дабы избежать захвата.
Далее «Кэролайн» проследовал к Филиппинам, где 4 апреля 1807 года взял, наверное, приз мечты — шедший из Лимы в Манилу испанский фрегат «Сан-Рафаэль» с серебряными монетами, слитками и 1700 центнерами медных листов на сумму в 1 миллион долларов (200 тысяч фунтов). Кэптен Питер Ренье получил 52 тысячи фунтов призовых, офицеры — по 1200 фунтов, матросы — по 350 фунтов.
Крейсерства «Грейхаунд» и «Кэролайн» сподвигли Пэллью на мысль полностью нейтрализовать голландцев. 31 августа к Яве подошли фрегаты «Кэролайн» и «Психея», которые произвели разведку местности и обнаружили, что линкоры «Плуто», «Револютие» и «Кортенар», а также «ост-индиец» «Рустлофф» и корвет «Сципион» переведены в Мадурский пролив, к форту Грайсси. «Сципион», вышедший на разведку, англичане захватили и вернулись к основным силам.
Пэллью вышел в море в следующем составе: 74-пушечные корабли «Пауэрфулл» и «Каллоден», фрегаты «Кэролайн» и «Фокс», шлюпы «Виктор», «Самаранг», «Сифлауэр», «Джэсер» (Jaseur), а также войсковой транспорт «Вустер», на который посадили 500 солдат 30 пехотного полка. Подойдя к Грайсси 5 декабря 1807 года, Пэллью послал парламентера с просьбой сдать корабли без боя на ответственное хранение. Властью короля обещал, что когда война закончится — корабли вернут Нидерландам, а если сгниют — заплатят как за новые. Голландский контр-адмирал Хартсинк надеялся на береговые батареи по обеим сторонам мелководного пролива, которые надежно прикрывали подходы к гавани, причем голландцы заранее поставили калить ядра, чтобы вызвать пожары у англичан. Пэллью же, прижавшись к одному берегу, сначала обрушил всю мощь орудий эскадры на первую батарею, а потом на вторую, высадил солдат, которые дожгли и добили остатки, и к вечеру 6 декабря проход освободили. Хартсинку ничего не оставалось, как начать переговоры. Контр-адмирал согласился со всеми условиями англичан и пообещал передать корабли утром 7 декабря. Однако когда Пэллью вошел на рейд Грайсси, он увидел, что голландцы затопили свои корабли на мелководье. Разъяренный англичанин приказал расстрелять их в воде и дожечь все то, что выступает из воды. На сушу высадили десант — сжечь все магазины и склады, взорвать и уничтожить пушки и батареи. Все запасы для флота снесли на британские корабли. Утром 11 декабря Пэллью покинул Яву и взял курс на Мадрас. Голландский флот на Яве погиб.