Строительную площадку, где предполагалось построить здание нового военно-морского учебного заведения России, тогда посетил Николай II, находившийся на отдыхе в Крыму. Об этом визите свидетельствует запись в его дневнике:
По графику работ главное здание намечалось сдать в эксплуатацию к осени 1916 года, но начавшаяся Первая мировая война отодвинула сроки строительства, а сам автор эскизного проекта капитан В.Ф.Баумгартен с началом военных действий был откомандирован сначала в Киев, а затем в действующую армию, где погиб на фронтах Великой войны.
20 ноября 1914 года на должность строителя был приглашен русский архитектор А.А. Венсан и направлен в распоряжение главного строителя Севастопольского военного порта Черноморского флота для руководства строительством Морского Корпуса.
Рабочий проект Морского Корпуса предусматривал кроме основного четырехэтажного здания, состоящего из пяти корпусов, соединенных между собой открытыми колоннадами ионического ордера и образующих дворики, видовые площадки, строительство зданий для офицеров и нижних чинов. В основном здании размещались учебные и жилые помещения, в центральном корпусе – церковь с куполом, возвышавшемся над портиком дорического стиля в виде башенки со шпилем, напоминавшим шпиль Адмиралтейства в Санкт – Петербурге.
В приказе по флоту было объявлено, что 26 октября 1915 года Николай II утвердил
Морской Корпус в Санкт – Петербурге с 1916 года реорганизовывался и разделялся на две полвины: первая общеобразовательная – кадетские роты, переводились в Севастополь, где, как было сказано раннее, в глубине Северной бухты (бухте Голландия) уже началась постройка огромного корпусного здания на берегу незамерзающего моря, что позволяло кадетам во время учебного года, проходить на практике морское дело и знакомиться с боевыми кораблями флота, посещая их.
В 1916 году был сделан прием в Севастополе в МКК в 4-й класс. Из-за войны постройка здания Морского Корпуса затянулась и не могла быть закончена к 1916 году. Поэтому первый и, увы, последний прием воспитанников (120 человек) в 7-ю роту (4-й класс) был размещен в двух флигелях, предназначавшихся для квартир корпусных офицеров.
В связи с преобразованием Петроградского Морского Корпуса в Морское училище Николай II назначил своего малолетнего сына Алексея «шефом» Морского Кадетского Корпуса.
Приказом по Севастопольскому Морскому Кадетскому Корпусу №-39 от 15 сентября 1916 года было объявлено о назначении Шефом Корпуса Наследника Цесаревича Алексея и о переименовании в связи с этим Корпуса в Морской Его Императорского Высочества Наследника Цесаревича Морской Кадетский Корпус. На погоны воспитанников корпуса были пожалованы золотые накладные вензеля в виде славянской буквы «А» с короной наверху, а у гардемарин вензель был скомбинирован с золотым якорем. С 10 октября 1916 года приказом по корпусу сформированная рота стала именоваться «Ротой Его Высочества».
Это событие вынудило морское ведомство предпринять экстренные меры по ускорению строительства корпуса, которое шло медленно, с отставанием от графика работ. Строительство корпуса в условиях военного времени замедлялось по многим причинам. Прежде всего, из-за запаздывания с доставкой строительных материалов, вызванного трудностями, связанными с добычей крымбальского и инкерманского камня для стен, а также из-за нехватки рабочей силы по причине низкой заработной платы и плохих бытовых условий. Несмотря на помощь воинских команд, темп строительства не ускорялся.
Тем не менее, морское министерство решилось объявить набор кадетов. До осени в учебный комитет министерства поступило 184 прошения, из которых 60 было отклонено. Среди зачисленных оказались ученики сухопутных корпусов (33), реальных училищ (28), гимназий (55) и других учебных заведений (8). По социальному положению 27 кадетов были потомственными дворянами, 45 – детьми военных, в том числе семеро – сыновьями адмиралов и генералов. Была сформирована одна младшая рота. Кадетов разместили в новых флигелях, и в сентябре 1916 года начались классные занятия.