Во второй приезд Н.Н.Машуков еще раз прошелся с В.В.Бергом по зданиям корпуса, по пути обсуждая размещение кадетов, штаты и откуда брать оборудование и книги, которые ликвидационная комиссия корпуса в 1918 году сдала во временное пользование училищам Севастополя. Через несколько тревожных дней и бессонных ночей, размышлений и расчетов, 11 июля 1919 года, находясь на рейде Новороссийска, командир вспомогательного крейсера (яхты) «Цесаревич Георгий» старший лейтенант Н.Машуков подал рапорт на имя Главного командира портов и судов Черного и Азовского морей контр-адмирала А.П.Саблина. В нем морской офицер изложил мотивы открытия в Севастополе Морского Корпуса в комплексе ранее возведенных для него зданий:
В июле 1919 года Н.Н.Машуков подал еще один рапорт с обоснованием предложения вновь открыть Морской Корпус, теперь уже правителю Юга России Главнокомандующему генералу А.И.Деникину. На приеме он, по совету контр-адмирала Саблина, показал Главкому великолепную фотографию Морского Корпуса в Севастополе: высокий, длинный, с белыми колоннами астрономическим куполом со шпилем дворец на высокой горе, сходящей сотнями ступеней прямо к берегу моря.
Начальник Морского управления Добровольческой Армии вице – адмирал А.М.Герасимов, поддержав предложения и расчеты старшего лейтенанта Н.Машукова, в тот же день назначил его исполняющим обязанности директора Морского Корпуса в Севастополе с оставлением в должности командира вспомогательного крейсера «Цесаревич Г еоргий».
В здании корпуса приступили к срочным ремонтным работам. Севастопольский Морской Корпус стал доступен абсолютно для всех юношей, желавших поступить в него. 6 сентября 1919 года о начале приема воспитанников широко объявили в приказе по флоту и трижды – во всех газетах, издававшихся на территории, занятой вооруженными силами Добровольческой армии Юга России.
Прием в корпус производился по конкурсу аттестатов без каких-либо сословных ограничений. 6 сентября 1919 года в Севастопольский Морской кадетский корпус зачислили 130 молодых людей со средним образованием в возрасте от 16 до 18 лет – в гардемаринскую роту и столько же, в возрасте от 12 до 14 лет, окончивших три класса гимназии или реального училища – в младшую кадетскую роту. При этом количество кадет и гардемарин разогнанного большевиками Морского училища в рядах воспитанников корпуса оказалось минимальным, поскольку большую их часть, принимавшую участие в Гражданской войне, уже произвели в офицеры в тех армиях и флотах, где они проходили службу.
14 октября 1919 года поступил приказ Главнокомандующего о производстве старшего лейтенанта Н.Н.Машукова, исполняющего обязанности директора Севастопольского Морского кадетского корпуса, в капитаны II ранга –
17 октября 1919 года Севастопольский Морской Кадетский Корпус был открыт. Было сформировано две роты: рота гардемарин и рота кадетов. Выгодное расположение Морского Корпуса на берегу незамерзающего Черного моря позволяло прекрасно сочетать теоретический курс морского дела с регулярной практикой на боевых кораблях флота. После рождественских каникул, 7 января 1920 года, занятия в Морском Корпусе возобновились. Летом 1920 года гардемарины проходили корабельную практику на крейсере «Генерал Корнилов», участвовавшем в боевых операциях, линкорах «Генерал Алексеев», «Ростислав» и яхте «Забава».