В 1939 году Электромеханическая школа Учебного отряда Черноморского флота была переведена в здание Морского Кадетского Корпуса, а осенью 1940 года нарком ВМФ адмирал Н.Г.Кузнецов принял решение передать бывший авиагородок в полное распоряжение Электромеханической школе Учебного отряда ЧФ с условием полной достройки всего комплекса зданий.
Личный состав Электромеханической школы развернул большую работу по оборудованию новых кабинетов и благоустроенных классов. Школа выпускала машинистов – турбинистов, машинистов – котельных, мотористов и электриков для Военно-Морского флота СССР.
Предвоенные годы проходили в напряженной учебе. Повышалось качество подготовки моряков, совершенствовались методы обучения, обновлялась учебно-материальная база. Последний предвоенный выпуск школы был произведен в апреле 1941 года.
Весной 1941 года всю документацию по восстановлению здания направили на утверждение в Главное строительное управление при Наркомате обороны СССР. Расчеты и сметы требовалось предоставить на рассмотрение к середине мая.
Накануне Великой Отечественной войны строители начали предварительные работы, но затем прекратили их. С началом войны строительство главного здания было свернуто. При эвакуации проектного отделения инженерного отделения большую часть разработанной документации пришлось уничтожить. Удалось вывезти только ценные чертежи, которые сохранились, и спустя десять лет, пригодились для возрождения поврежденного при бомбардировках и обстрелах здания.
Великая Отечественная война застала личный состав Электромеханической школы в разгар учебы. Утром 22 июня 1941 года в школе состоялся митинг. В адрес командования стали поступать сотни заявлений от командиров, курсантов и преподавателей с просьбами отправить их на фронт.
С первых дней войны школа стала боевой частью Севастопольского гарнизона. Суточные наряды и караулы охраняли важнейшие объекты Севастополя: ГРЭС-1, ГРЭС-2, тоннели, железнодорожные мосты, радиоцентр, заводы и главнейшие подступы к городу. Силами личного состава выполнялись работы по погрузке на корабли и транспорты боезапаса и боевой техники для осажденной Одессы.
Война значительно осложнила обучение специалистов. Необходимо было не только сократить сроки обучения, но и придать ему практическую направленность на освоение всех видов боевой техники и оружия. Подготовка младшего командного состава для кораблей была прекращена, а занятия в школе были перестроены по сокращенным программам и продолжались по 12 часов в сутки. Изучалось общевойсковое оружие, отрабатывались стрельба и тактика пехотного боя. Кроме специалистов для кораблей готовились бойцы морской пехоты. В конце августа 1941 года был произведен досрочный выпуск корабельных специалистов. Кроме того, были подготовлены сотни младших командиров для частей морской пехоты, которые отправлялись на фронт.
Когда над Севастополем нависла угроза вторжения врага с суши, Верховное Командование СССР поставило перед гарнизоном задачу защитить главную базу флота – Севастополь, создать мощный пояс оборонительных сооружений от Балаклавы до побережья в районе реки Кача. Часть этой огромной работы выполнил личный состав Электромеханической школы, который сооружал укрепления на Северной стороне от Качи до Камышловского оврага, где были созданы три линии оборонительных сооружений, включавших в себя ДОТы, ДЗОТы, артиллерийские установки разных калибров, противотанковые рвы, проволочные заграждения, блиндажи и минные поля. Эти укрепления сыграли огромную роль в обороне города и помогли его защитникам надолго задержать германские войска у стен Севастополя. В конце октября 1941 года враги прорвали нашу оборону и устремились в Крым. Немецкое командование рассчитывало взять город с ходу, не допустив отхода на Севастопольский плацдарм частей Приморской армии. Навстречу прорвавшимся немецким войскам были брошены части Севастопольского гарнизона, в том числе батальон Учебного отряда и батальон курсантов Военно-морского артиллерийского училища имени ЛКСМУ. Подразделения Электромеханической школы Учебного отряда заняли боевые позиции на подступах к Севастополю: первый батальон – Камышловский овраг – Дуванкой; второй батальон – район Мамашая. На занятых рубежах пристреливалась местность, корректировались стрелковые карточки, минировались вероятные подходы вражеских танков, накапливался боезапас, расставлялись истребители танков.