Москва молчала. Украинская сторона торопилась закрепить завоеванные позиции. В результате присягу принимали отдельно украинская и российская стороны. Все, кто принял российскую присягу, были сразу исключены из училища. Процесс «переприсягания» дорого обошелся Военно-Морскому Флоту России: только из Севастопольского ВВМИУ были потеряны для ВМФ РФ 1563 курсанта 1–5 курсов.
Украинская сторона на основе приказа министра обороны Украины от 25 июля 1992 года создало многопрофильное образование – Военно-морской институт ВМС Украины – конгломерат из пяти факультетов, созданных на основе объединения Севастопольского ВВМИУ, Черноморского ВВМУ им. П.С.Нахимова, Измаильского Центра и двух Севастопольских учебных отрядов ВМФ.
Севастопольское ВВМИУ влилось во вновь созданную структуру на правах факультета корабельной энергетики, призванного готовить офицерские кадры по следующим специальностям: дизельные энергетические установки надводных кораблей и подводных лодок; газотурбинные установки надводных кораблей; электроэнергетические системы надводных кораблей и подводных лодок; инженеры – водолазы по подводной технологии; инженеры – кораблестроители; атомные станции и установки.
Училище, качественно готовившее специалистов по ядерной энергетике, не в состоянии было быстрыми темпами перестроиться на подготовку такого широкого круга специальностей, на который размахнулось руководство ВМС Украины. Чтобы не растерять высококвалифицированные кадры педагогов-ядерщиков, профессорско-преподавательский состав стал добиваться создания в институте соответствующего специализированного факультета. С помощью Госкоматома и руководства украинскими АЭС удалось сформировать в структуре СВМИ факультет атомных электростанций. Было достигнуто временное соглашение между ВМС Украины и ВМФ РФ о том, что вновь созданные факультеты произведут еще два выпуска курсантов, не принявших украинскую присягу, за плату украинской стороне.
Однако эти соглашения и взятые на себя обязательства о полном и качественном выполнении учебных планов и программ по обучению курсантов, не принявших украинскую присягу, в дальнейшем неоднократно нарушались. Так, в одностороннем порядке было принято решение о проведении в январе 1993 года (вместо июня) ускоренного выпуска 5 курса, что лишало курсантов юридического права получения дипломов установленного образца о высшем образовании с присвоением военной квалификации. Все это, а также неприемлемые для ВМФ РФ условия оплаты обучения вынудили российскую сторону принять решение о переводе 16 специальностей профилей обучения в СВВМИУ и ЧВВМУ им. П.С.Нахимова во ВМУЗы, расположенные на территории России.
Так закончилась трагическая история переподчинения Севастопольского ВВМИУ Военно-Морским Силам Украины. Севастопольское Высшее Военно-Морское Инженерное Училище перестало существовать.
В сентябре 20011 года исполнилось 60 лет со дня основания Севастопольского Высшего Военно-Морского Инженерного Училища. На всю жизнь запомнились слова, которыми напутствовал выпускников Севастопольского Высшего Воєнно – Морского Инженерного Училища в 1965 году начальник училища инженер – контр – адмирал М.А.Крастелев:
Здание будущего Севастопольского ВВМИУ после окончания Второй мировой войны.
Восстановление здания бывшего Морского Корпуса – здания будущего СВВМИУ.
На территории Севастопольского ВВМИУ. 1950-е года.
Восстановленное здание учебного корпуса СВВМИУ. 1960 год.