Бои в городе продолжались 5 дней. Правительственным войскам приходилось сражаться за каждую улицу, за каждую баррикаду. Особенно ожесточённо сопротивлялось рабочее и ремесленное население района Праги Подскалье. Восстание приняло такой серьёзный характер, что напугало чешских либералов и консерваторов. Они сделали попытку выступить посредниками между восставшими и Виндишгрецем, чтобы добиться прекращения борьбы. Однако эта попытка, инициаторами которой были Палацкий и Шафарик, не имела успеха ввиду нежелания Виндишгреца принять главное требование повстанцев об удалении его с поста главнокомандующего. Наиболее радикально настроенные делегаты прекратившего уже свои заседания славянского съезда пытались предпринять шаги к объединению усилий восставших, к созданию единого руководящего центра. Но предпринятая 15 июня мораванами Бедржихом Блоудеком и Франтишком Захом, словаком Людевитом Штуром и русским Бакуниным попытка создать такой центр была обречена на неудачу, так как силы восставших уже иссякали в неравной борьбе. В результате нескольких ожесточённых бомбардировок города и кровопролитных уличных боёв Виндишгрецу удалось к 17 июня сломить сопротивление революционеров и добиться их капитуляции. С поражением восстания было немедленно введено осадное положение, начались повальные аресты участников восстания, стала действовать военная комиссия. Власти воспользовались ситуацией для репрессий не только против радикалов и демократов, но и против либералов. Был распущен Национальный комитет, а вслед за ним и Временный правительственный совет. Все виды гражданского ополчения были разогнаны, все ранее дававшиеся императором и правительством обещания забыты и похоронены.
Июньское восстание в Праге представляло собой кульминационный пункт революционного движения в Чехии в 1848 г. и явилось для Австрии фактически единственным (кроме Вены) вооружённым выступлением пролетариата, буржуазии и радикальной интеллигенции. Оно имело весьма существенное значение для всей дальнейшей политической жизни Чехии.
В результате восстания в значительно более определённой форме обнаружились те направления и тенденции в чешском обществе, которые были скрыты до этого времени за общими лозунгами борьбы за исторические права земель чешской короны. Мы уже раньше видели, как отошли от движения немцы. Теперь раскол определился и в чешском политическом лагере. Этот раскол привёл к возникновению двух борющихся между собой партий: национально-либеральной и радикально-демократической. Среди членов национально-либеральной партии были Ф. Палацкий, Ф. Ригер, К. Гавличек, П. И. Шафарик, А. М. Пинкас, Ф. Браунер, В. Гобблер, В. Томек, К. Эрбен, И. Иречек и др. Политическая программа и практическая деятельность этой партии имели своей главной целью воспользоваться разгромом революционно-демократических сил и направить происходящее в различных классах чешского общества движение в общее русло борьбы за автономию земель чешской короны в рамках империи Габсбургов. Представители этой партии, вошедшие в собравшийся вскоре в Вене рейхсрат, выступали при обсуждении конституционных и других вопросов за избирательное право, основанное на цензе, за двухпалатную систему, за выкуп феодальных повинностей. Сосредоточив своё внимание исключительно на работе в законодательных органах, они осуждали всякую революционную деятельность. Занимая в рейхсрате позицию реакционную, выступая против революционной Вены и Венгрии, эти чешские политики справедливо заслужили суровую оценку истории. Они оказались перед дилеммой: или опереться на широкие народные массы, или перейти к сотрудничеству с монархией против революции в расчёте на то, что монархия осуществит автономию Чехии, Моравии и Силезии и некоторые другие их стремления.
Первый путь был неприемлем для них, во-первых, потому, что при последовательном его проведении необходимо было бы поддержать революцию как в Чехии, так и в остальных землях Австрии, что привело бы к ликвидации Австрийской империи и возникновению ряда самостоятельных государств. Между тем Палацкий и его сторонники считали безусловно необходимым сохранение и укрепление этой империй.
Этот путь был неприемлем для них, во-вторых, потому, что, пробуждая к политической деятельности пролетариат и крестьянство, он неизбежно должен был бы обострить классовые противоречия, классовую борьбу, что могло привести к социальному перевороту в Чехии и её демократизации. Но Палацкий и его сторонники были противниками революции и демократии и стремились к сохранению монархии, лишь преобразованной в федерацию равноправных национальностей при сохранении существующих классовых отношений.