Все поломала война. В октябре 1941 г. Солженицына призвали в армию, и после окончания артиллерийского училища в феврале 1943 г. он в звании лейтенанта попал на фронт. Но и на фронте он ухитрялся выкраивать время для литературной работы, рассылал свои рассказы на отзывы и в 1944 г. получил одобрительное заключение от Бориса Лавренева, бывшего заметной фигурой на тогдашнем литературном Олимпе.
Однако до публикаций дело не дошло. В феврале 1945 г. капитана Солженицына, награжденного к тому времени двумя орденами, арестовали и из Восточной Пруссии препроводили под конвоем в Москву, на Лубянку. Причиной послужила его переписка со старым товарищем, в которой Солженицын, наверняка зная о цензуре, все же решился на критику самого Сталина. Приговор суда был суров: 8 лет лагерей за антисоветскую пропаганду и агитацию.
Солженицына продержали в московской тюрьме, а затем перевели в спецучреждение в Марфино, так называемую «Шарашку», где ученые разных направлений вели секретные научные исследования. Позже Солженицын говорил, что диплом математика спас ему жизнь, поскольку режим Марфинской тюрьмы был гораздо мягче, чем в других лагерях. Из Марфино писатель попал в особый лагерь в Экибастузе (Казахстан), где содержались политические заключенные. Именно там у Солженицына впервые созрела мысль о том, что необходимо рассказать всему миру об ужасах сталинских лагерей.
Отбыв заключение и освободившись из тюрьмы 5 марта 1953 г., в день смерти Сталина, Солженицын получил удостоверение ссыльного и поселился в одном из казахстанских поселков. Казалось бы, самое страшное осталось позади. Но тут врачи обнаружили у Александра Исаевича раковую опухоль в брюшной полости. Лечение лучевой терапией в Ташкентском госпитале прошло на удивление благополучно.
До 1956 г. писатель проживал в различных районах Сибири, учительствуя в местных школах. А в июне 1957 г., после реабилитации, Александр Исаевич поселился в Рязани. Его жена Наталья Решетовская, которая за время его ссылки успела выйти замуж, добилась развода и снова вернулась к Солженицыну.
Важной вехой в последующих событиях стал доклад Н. С. Хрущева на ХХ съезде партии о «культе личности Сталина». Доклад разоблачал преступления прежнего режима. К этому времени Солженицын закончил работу над повестью «Один день Ивана Денисовича» и предложил ее журналу «Новый мир», редактором которого был авторитетный советский литератор А. Твардовский. Разрешения на публикацию повести пришлось добиваться на самом высоком уровне – в Президиуме ЦК КПСС и лично у Хрущева. Предваряя публикацию, Твардовский писал: «Я не хочу предвосхищать оценку читателями этого небольшого по объему произведения, хотя для меня несомненно, что оно означает приход в нашу литературу нового, своеобычного и вполне зрелого мастера».
Повесть, написанная живым, образным языком, рассказывала об одном лагерном дне заключенного Ивана Денисовича Шухова, от имени которого велось повествование. Появление этой повести всколыхнуло всю страну, начались издания ее за рубежом. Правление Союза советских писателей по собственной инициативе, даже без заявления автора, приняло Солженицына в члены Союза. А критики сравнивали «Один день Ивана Денисовича» с «Записками из мертвого дома» Достоевского.
За этой повестью последовал рассказ «Матренин двор», в котором речь шла о нелегкой судьбе деревенской женщины, праведность которой осмысливается окружающими только после ее смерти. Симпатии автора принимали законченную форму в конце рассказа: «Все мы жили рядом с ней и не поняли, что есть она тот самый праведник, без которого, по пословице, не стоит ни село, ни город, ни вся земля наша».
Но хрущевская «оттепель» подходила к концу, и страна стояла перед новой волной безвременья. В этих условиях конфликт Солженицына с «сильными мира сего» был неизбежен. Уже в апреле 1964 г. кандидатура Солженицына была изъята из списков для тайного голосования в Комитете по Ленинским премиям. В следующем году органы КГБ конфисковали рукопись романа «В круге первом», а также литературный архив писателя. В 1966 г. партийные организации Москвы получили директиву не устраивать читательских вечеров с участием Солженицына, а в канун 1968 г. руководители секретариата Союза писателей приняли решение запретить публикацию романа «Раковый корпус». И наконец, в 1969 г. Солженицын был исключен из Союза писателей.
Тем не менее рукописи романов «В круге первом» и «Раковый корпус» попали на Запад и были изданы там без согласия автора, что только усугубило и без того его тяжелое положение на родине. Писатель отказался нести ответственность за публикацию своих произведений за границей и заявил, что именно власти способствовали вывозу рукописей из страны, чтобы был предлог для его ареста.