В том же, 1960 году Советский Союз отозвал всех своих советников и специалистов, помогавших развивать народное хозяйство Китая (на тот момент их насчитывалось около 1600). В Кремле этот шаг мотивировали тем, что в КНР развернулась «антисоветская кампания, что условия для наших специалистов в Китае стали невыносимыми». Пошел и обратный процесс – из Союза на родину стали принудительно возвращаться учившиеся в советских университетах и институтах китайские студенты.
С 1960 года стала обостряться и обстановка на границе между двумя государствами. 7520 километров советско-китайской границы стали превращаться в зону постоянной напряженности. Мелкие переходы границы с китайской стороны начались еще с середины 1950-х, а первый крупный инцидент произошел летом 1960 года. В районе перевала Буз-Айгыр в Киргизии группа китайских граждан (по национальности – киргизов), выпасавших отару овец, совершила переход на территорию СССР. В ответ на требования советских пограничников покинуть территорию Союза они заявили, что находятся в этом районе по указанию своего руководства и что это не советская, а китайская территория. Спор и обмен нотами продолжался до октября, когда из-за наступивших холодов китайские скотоводы покинули этот участок. Оказалось, что СССР и Китай по-разному понимают принадлежность этого участка и линию прохождения границы, но выразили готовность провести консультации по этому вопросу. Выступая на пресс-конференции в столице Непала Катманду и отвечая на вопрос о наличии спорных участков на советско-китайской границе, премьер Госсовета Чжоу Эньлай заметил: «На картах есть незначительные расхождения. Но их очень легко решить мирным путем…»
Действительно, тогда казалось, что, несмотря на все разногласия, СССР и Китаю все же удастся без особых проблем прийти к компромиссу. Обе стороны предпринимали определенные шаги в этом направлении. Осенью 1960 года по указу Политбюро ЦК КПСС была создана межведомственная комиссия из представителей МИДа, КГБ и Министерства обороны с целью подбора и изучения договорных актов по границе с КНР, на основе которых она могла сделать доклад политическому руководству страны.
Изучив соответствующие документы, комиссия в своем заключении отметила, что, за исключением участка на Памире южнее перевала Уз-Бель, вся пограничная линия советско-китайской границы определена договорами. При этом было указано, что в договорах описание местности, по которой проходит граница, имеет недостаточно конкретный характер, а карты, прилагаемые к договорным актам, составлены примитивно и имеют слишком мелкий масштаб. По состоянию на 1960 год из 141 необходимого погранзнака в нормальном состоянии находились 40, в разрушенном виде – 77, а 24 знака вообще отсутствовали на местности. То есть как договорные документы, так и состояние границы не давали полного и четкого представления о пограничной линии.
По мнению членов комиссии, на границе было 26 участков, которые могли стать предметом переговоров с китайской стороной. Из них в половине случаев имелись серьезные расхождения в картах сторон, а еще в половине не было проведено четкого распределения островов на реках Амур и Уссури. В том числе и Даманского… И еще один момент, имеющий непосредственное отношение к конфликту вокруг Даманского. Комиссия, в случае проведения переговоров по поводу границы, предлагала проводить ее не по берегам рек, а по линии середины главного фарватера на судоходных реках и по линии середины реки на несудоходных реках. То есть не так, как она была обозначена красной линией на той самой карте, прилагавшейся к Пекинскому договору 1860 года, по которой граница шла по китайскому берегу. Из этого следовало, что если бы на возможных переговорах советская сторона следовала этим рекомендациям, то многие острова, в том числе и Даманский, должны были отойти Китаю. Значит, если бы так случилось, то получается, что для конфликта 1969 года уже просто не было бы повода? Конечно, не все так просто. Но так или иначе, работа межведомственной комиссии закончилась ничем, и никаких «оргвыводов» по поводу границы с Китаем не последовало. Было указано, что «в данный момент предлагать проведение демаркации и редемаркации границы нецелесообразно по политическим мотивам», и поэтому комиссия ограничилась представлением материалов на рассмотрение правительства на случай проявления китайской стороной соответствующей инициативы.
Еще одна попытка разобраться с пограничной проблемой была предпринята в сентябре 1961 года. МИД, КГБ и Министерство обороны СССР подготовили и внесли на рассмотрение руководства страны предложения по пограничным вопросам с Китаем, суть которых состояла в том, чтобы попытаться выяснить мнения китайской стороны относительно проведения переговоров об уточнении прохождения пограничной линии на отдельных ее участках. И прежде всего упоминались те участки, где, как показывали события, нерешенность пограничных вопросов могла стать предметом трений между СССР и КНР.