Расходование же этих средств, возбудило скоро неудовольствие партии утраквистов. Ибо он только часть этих средств употребил на выкуп коронных земель из закладов и на разрушение некоторых нововыстроенных замков, которые могли бы стать небезопасными для спокойствия государства, и отчасти обратил на наем небольшого числа воинов таборских, под начальством Яна Искры из Брандиса, которых отправил против турок для охранения границ королевства Венгерского, не без умысла, чтобы от них на всегда избавиться в государстве, наконец часть дохода король употребил на выкуп некоторых имений духовенства из партии унионистов и на возобновление его вкладов, а именно — капитулы костела пражского, которая теперь воротилась из своего изгнания, из Житавы. Но в то же время отнял у Рокичаны, выбранного в архиепископы, приход Тинский, который тот занимал под предлогом, слишком обыкновенным при том положении дел, — что прежний священник, оттуда выгнанный, передал его другому. На сейме, который длился что-то больше 6 недель, была объявлена открытая готовность идти против Рогача из Дубы, и с этой целью войско королевское осадило замок Сион, в начале месяца мая, под начальством Игнатия Птачка из Пиркштейна. Между тем, горожане, все сговорились с цезарем и выгнали из города Амвросия с партией, которая противилась этому походу.
Во время окончания этого сейма, пришло подтверждение базельских компактах от самого собора, и, немного спустя, папа Евгений IV, буллой, данной 11-го марта того же года, одобрил это примирение между чехами и остальными христианами. На новом сейме были выбраны послы к собору. Первым из них был на этот раз Ян Прибрам, ибо Рокичана отказался от участия в этом, не веря в возможность примирения. Тогда Сигизмунд, чтобы хоть на время успокоить партию утраквистов, с согласия епископа Филиберта, назначил временного администратора архиепископии пражской, для управления только духовенством партии утраквистов, с присоединением к нему консистории из священников пражских. Но администратором назначил король старого магистра Христиана из Прахатиц, принадлежавшего партии Прибрамовой. Рокичана, этим окончательно устраненный от управления церковными делами, имея причину бояться коварства короля, оставил окончательно Прагу и нашел убежище у пана Дионисия Барка из Милетинка, в замке его, выстроенном, во время войн, на горе Кунетицкой.
По причине новых распрей, возникших между папой Евгением IV и базельским собором, когда последний стал настаивать на проведении реформы в устройстве церковных дел, не обращая внимания на уменьшение доходов папских, цезарь Сигизмунд вскоре удалился в Хеб, назначив там сейм имперским князьям, чтобы с ними обсудить это дело. Сейм этот ни повел ни к чему, потому что князья большей частью уклонялись от этого прения, да и мало их сошлось. Когда же Сигизмунд, опять но этой же причине, около полутора месяцев не был в Праге, то оказалось сильное волнение в неспокойной части партии утраквистов. Подати, назначенные на сейме, многими не вносились за другую половину года; при осаде Сиона было мало усердия, а в восточных краях государства собирались съезды, на которых изъявлялись неудовольствия против короля. обеспокоенный известиями об этом, Сигизмунд воротился в Прагу, и употребил все старания на усиление своего войска перед Сионом. Замок был взят окончательным приступом (6 сентября); Ян Рогач с 52 единомышленниками захвачен при этом в плен, и цезарь велел их всех повесить в один день, на площади Старого Города, на большой виселице, Рогача выше других. Этим он еще больше вооружил против себя общественное мнение. К сейму, созванному в Прагу, в день св. Вячеслава, приехал с охранной грамотой Дионисий Борек из Милетинка, с жалобами на императора, написанными от областей Градегкой и Хрудимской, в том, что тот не сдержал своих обязательств, данных чехам и объявил эти жалобы перед сеймом. Между тем Ян Колда, приверженец партии таборской, начал восстание против короля завладением замком Находом и тотчас также священник Фридрих и некоторые другие из рыцарского сословия послали объявление войны цезарю.