Несмотря на мудрость, справедливость и безусловную заботливость короля Юрия, ему однако ж не суждено было приготовить чехам новую блестящую будущность. Стремления его уничтожены были настойчивым желанием пап — подчинить себе чехов точно также, как это было пред началом стараний о церковной реформе. Папа Пий II требовал такого подчинения от короля Юрия, представляя его присягу пред коронованием, по которой король дал обязательство уничтожить в Чехии партию утраквистов. Король не соглашался на это, так как он обязался искоренять только ересь в стране, за которую нельзя было принять причащение под двумя видами, как одобренное базельскими компактатами. Как только обнаружились враждебные столкновения короля Юрия с немецким императором Фридрихом III, папа Пий II тотчас начал снова требовать от короля, чтобы он отправил к нему в Рим посольство, чрез которое торжественным и определеннейшим образом возобновил бы данные ему прежде обещания покорности. После долгой проволочки король сделал это в марте месяце 1462 г., прося при этом утверждения компактат со стороны папы. Но вместо этого, папа Пий открыто объявил компактаты бесполезными и уничтоженными и требовал от короля, чтобы и он сам отказался от причащения под двумя видами и свое королевское могущество употребил на искоренение его в своих землях. С этим требованием папа вместе с королевскими послами отправил в Чехию своего легата Фантина-де-Валла, доктора прав, который служил за плату королю Юрию в качестве защитника его интересов в Риме, но который однако ж не всегда был ему предан, предлагая советы и против него. Король не мог исполнить требований папы, без того, чтобы не вступить во вражду с своим народом, как некогда король Сигизмунд. Вот почему, когда посольство воротилось в Прагу, он, чтобы рассеять всякое недоверие к себе народа, в торжественном собрании земских сословий объявил папские требования несправедливыми, известил, что он будет твердо держаться компактат и побуждал к тому же сословия, как утраквистов, так и принимавших причащение под одним видом. Когда же Фантин, объявляя желание папы, обвинял короля в нарушении присяги, грозил ему лишением короны и так держал себя, что умысел папы умалить королевское достоинство дерзостью речей своего посланника, сделался ясен — Юрий терпеливо выслушал все, но на другой день без всякого допроса взял Фантина, как вероломного своего слугу, и в свою очередь отплатил папе, посадив его легата на несколько недель в тюрьму.
После такого отказа короля, папа Пий тотчас же решился возмутить против Юрия его подданных и соседей, и прежде всего повелел жителям Вратислава, чтобы они не исполняли присяги, данной королю. Легат папский Иероним Ландус прибыл скоро в Вратислав, поселился в городе, восставшем тотчас против короля, и вызывал оттуда силезцев, лужичан, а также и города в Моравии и Чехии, где причащение принималось под одним видом, соединиться для этого вместе с Вратиславскими.
Дальнейшие враждебные действия папы были скоро задержаны на время новыми хлопотами, которые обрушились на голову императора Фридриха III. Великое восстание нижне-австрийских сословий в союзе с Альбрехтом князем верхне-австрийским, к которому неожиданно присоединились также и граждане города Вены, причинили Фридриху еще большую опасность, когда он был осажден в своем Венском замке и когда горожане ничем, казалось, не хотели успокоиться, как только его смертью. Среди такого несчастья, он отправил посла к королю Юрию, тогдашнему своему противнику, с просьбой о помощи. Юрий без всякого замедления послал в Австрию старшего своего сына Викторина, а чрез несколько дней отправился сам и подступил к Вене с огромным войском, которое заставило усмириться бунтовщиков. Альбрехт принужден был согласиться на перемирие, дать императору свободный выход из Вены и заключить с ним окончательный договор сообразно Могущественному решению короля чешского (1462 г. 5 декабря). Император изъявил за это большую благодарность королю Юрию. Он возобновил древние наследственные договоры между чешскими и австрийскими владетелями, и отказался от всяких притязаний на наследство в Чехии; издал privilegium, по которому повинность чешской земли немецкому государству уменьшалась на 300 вооруженных воинов для поездки в Рим или 300 гривен серебра на 150 воинов; младших двух сыновей Юрия, Генриха и Игнатия, подобно тому, как прежде Викторина, возвел в князья; даже постановил, чтобы после его смерти, король Юрии был опекуном сына его Максимилиана и владетелем Австрии, если бы Максимилиан умер. Наконец, император обязался также своим посредничеством примирить короля с папой.