Из всех других учреждений церковных наибольшее распространение приобрел орден иезуитский. Из Чехии, Моравии и Силезии сделана была особенная провинция этого ордена, и в очень короткое время он имел 13 коллегий в Чехии: в самой Праге три, в старом и новом городе, на малой стране, далее в Крумлеве, в Градце Индриховом, в Клатовах, Бржезнице, Хебе и на Кутной горе, исключая иные мелкие резиденции. Иезуитам были отданы вместе с университетом королевским и все городские школы, которые были сначала управляемы университетом. Знаменитейшие из них, кои поэтому назывались гимназиями, орден окружил своими членами. Иезуиты особенно трудились при первом обращении народа к католической вере; тщательно заботились об удалении протестантов и об искоренении их и о прочном утверждении советов и учения общественной церкви; храмы их снабжены были красноречивыми проповедниками, миссионеры их ходили безостановочно по городам и селам, чрез них особенно оживлялись старые религиозные местные воспоминания и открывались новые предметы почитания. Иезуиты возвысили особенно почитания святых исторических и любимых народом в городах, так например: ими утверждено почитание нового чешского патрона, св. Яна из Непомуки.
Появились впрочем и иные новейшие ордена со времени Белогорской битвы, то впервые введенные в Чехию, то еще более расширенные, каковы напр: капуцинов (1600), навлеан (1626), театинов (1666), тринитаров (1704), ниаристов милосердных братий, так что к половине 18 века в Чехии было кроме иезуитских коллегий 179 монастырей. Прежние ордена, установленные в земле, обновились и увеличились согласно с изменившимися отношениями. Много времени прошло, пока было образовано потребное число светского духовенства; для этой цели кардинал Гаррах в 1631 основал первую отдельную архиепископскую семинарию в Праге, а позднее подобные семинарии основаны были еще в двух вновь устроенных епископствах. По причине недостатка духовных, равно как и по причине уменьшения жителей, осталось много древних приходских костелов не занятыми и которые были причислены теперь к иным в качестве филиальных. Прежнее церковное разделение на деканства, которое и через два века перед битвой Белогорской не пришло в забвение, возобновлено теперь было, хотя и с измененными границами отдельных деканств, которые названы теперь новейшим именем, викариатами. Из прежде бывших диаконатов удержалось только несколько и то уже только как почетные названия. Синоды княжества не уничтожились, хотя уже и не было препятствия от неудовольствия протестантов, как было в 1605 г. Дух неограниченного господства, заведенного в государстве, усилился в том же направлении и в управителях церкви, епископы отчасти обходили синод, потому что светская власть никаким образом не благоприятствовала свободным собраниям.
Хотя император Фердинанд и все царствующее потомство его заботилось в течении полутора веков о вере католической, чтобы она господствовала самостоятельно в их землях, тем не менее однако могущество церкви не было восстановлено в прежде бывшем своем объеме. Император Фердинанд III уже не допустил двор папский повелевать всем тем, что где-нибудь состояло под его влиянием, если это противоречило с новейшим понятием о светской власти. Во второй год своего царствования он отнял у иезуитов имение прежде бывшего университета Карлова и два факультета: юридический и медицинский, которые содержались доходами с этого имения (1638), и взял в государственное управление, поставив над ними одного из высших чиновников земских в качестве протектора, позднее же соединил два факультета иезуитские и те два светские в один университет Карло-Фердинандский (1654), который, не смотря на все возражения архиепископа, как канцлера университета, право которого император утвердил в этом отношении, приобрел новое устройство с контролем государства, без утверждения папского.
Опустошение земли после 30-летней войны имело для потомства то следствие, что чешская земля лишилась лучшей части своей всегдашней территории. В тех краях, которые наиболее остались без жителей властители особенно иностранцы, которые имели также имения и в иных окольных землях, заводили новые колонии немецкие для заселения своих владений. Такие колонии со временем размножились внутри земли; но при границах, где было уже прежде такое население немецкое, оно не только удержало свой язык, но даже в скором времени онемечило и чешское население, которое с ним было смешано. Вследствие сего граничная черта между языками немецким и чешским к концу 17 века прошла глубже внутрь земли, так что почти третья часть населения состояла из немцев.