В 1322 г. получила решительный оборот долгая война между Людвигом баварским и Фридрихом австрийским из-за Германской империи. Людвиг победил в битве при Мюгльдорфе, в Баварии, в которой король Ян лично помогал ему с значительной военной силой. Сам Фридрих попал в плен, а вместе с ним и брат его Генрих, которого король Ян велел отвезти в Чехию и содержать в заключении в Кривоклате. За помощь, оказанную ему, Людвиг IV отдал в залог королю чешскому город Хеб (Эгер) с провинцией, который с тех пор навсегда остался при Чехии. Впрочем, он сначала обещал Яну более, но потом этого не исполнил, отчего продолжавшаяся до тех пор дружба между ними, начала с этого времени колебаться. Король Ян уже в 1323 г. выпустил из плена воеводу Генриха австрийского, сговорившись с братьями его, без спросу Людвига, братья за это отказались от всяких претензий, на Моравию которые до тех пор имели. Когда же, вскоре потом, Людвиг баварский, первый из германских императоров, после погибели Гогенштауфов, вступил в новую великую распрю с папой в Италии, король Ян склонился на сторону папы и этим еще более сблизился с королем французским, как с сильным папским помощником, в земле которого находились в то время, папы в городе своем Авиньоне (с 1305 г.).
Спустя немного после первого возвращения короля Яна из Люксембурга (1321), между ним и его женой, королевой Елишкой, снова восстановилось некоторое согласие, продолжавшееся, впрочем, недолго. Паны, которым королева была препятствием для управлении коронным имением, опять оклеветали ее таким же способом перед королем Яном, так что из боязни за свою жизнь, или опасаясь других каких-нибудь замыслов, королева бежала из земли, незадолго до битвы при Мюгльдорфе, и пребывала в нижней Баварии у воеводы баварского Генриха, за которого была выдана старшая дочь её Маркета (Маргарита). Король, постоянно опасаясь чтобы некоторые из приверженцев королевы не лишили его царства и не провозгласили королем сына его Вячеслава, велел увезти потом семилетнего королевича также из земли, именно ко двору парижскому, чтобы он там воспитывался вдали от своего отечества (1323). В честь короля французского Карла, Вячеслав получил там при конфирмовании имя Карла, которое с тех пор преимущественно осталось за ним. Только через два года возвратилась королева из Баварии, когда король убедился в неосновательности её обвинения (1325). Дружеское сближение с папским двором принесло Яну вскоре потом пользу, весьма им желанную, но постыдную для чешской земли. Именно папа Ян (Иоанн) XXII дозволил ему в продолжении трех лет брать себе десятую часть со всех доходов духовенства во всей Чехии, в Моравии и в графстве Люксембургском, в награду за услугу, которую он оказал апостольской столице. Король Ян собрал эту десятину за все три года вперед (1326) и истратил эти огромные деньги в короткое время. Пользуясь дружбой своей с папским двором, он дозволял себе иные своевольные поступки с имениями духовенства, без всякого за это преследования, как сто лет перед сим король Пржемысл в распре своей с епископом Андреем. В это время двор папский сильно изменил свое обращение с государями и народами христианскими. В промежуток времени от папы Григория VII до Иннокентия III, который управлял церковью во время короля Пржемысла, папы заботились об увеличении своей внешней силы, для того, чтобы, победив противных им государей, достигнуть своей великой цели, именно внутреннего возвышения церкви; в позднейшее время главной их целью было возвысить себя на высшую степень могущества над всеми светскими государями. В этом стремлении они часто не обращали внимания на истинные нужды церкви и допустили возникнуть многим беспорядкам в церковном управлении. Папы всякими способами вымогали для себя с имений духовенства деньги, которые прежде назначены были преимущественно для собственной пользы духовенства; а что они дозволяли самим себе, то дозволяли, как видно из примера короля Яна, и другим, под ничтожными предлогами. Корыстолюбивый дух, который господствовал в средоточии христианства, начал мало-помалу распространяться также в низших слоях духовенства. Уже вовремя короля Яна в Чехии приходские священники из светского духовенства начали враждовать с нищенствующими монахами из-за различных доходов, в которых завидовали один другому, так что от этого начались процессы. Из-за подобных корыстолюбивых стремлений, тогдашний епископ пражский Ян Дражицкий, которому король Ян сильно недоброжелательствовал, был в 1318 году привлечен к папскому суду в Авиньоне, будучи обвинен некоторыми своими противниками между духовенством в мнимом потворстве еретикам. Целый год, стоивший ему огромных расходов, провел он в тогдашней столице папской, пока не удалось ему доказать свою невинность, а во время такого долгого отсутствия его, король Ян имел еще более свободы распоряжаться имением епископа и прочего духовенства.