Тогда представился случай, по необыкновенному поводу, к решительному повороту в заграничной политике чешской. Маркета (Маргарита), графиня тирольская, воспылав преступной страстью к постороннему человеку, коварным образом избавилась от своего молодого супруга Яна Генриха (1341), сговорившись сначала об этом с цезарем Людвигом и вступила во второй брак с сыном цезаря, Людвигом, маркграфом бранденбургским (1342), не обращая внимания на папские проклятия и на всеобщее неудовольствие против такого неслыханного поступка. Из-за этого возгорелась новая вражда между Людвигом IV и королем Яном. Отнять у Маркеты и нового её мужа власть в Тироле было трудно при отдаленности этой земли от Чехии; поэтому король Ян и сын его Карл стали хлопотать о союзе с немецкими князьями и другими владетелями, а сверх того и с папским двором против императора, чтобы уничтожить власть его. Людвиг, опасаясь грозивших ему больших затруднений, начал переговоры, во время которых воспользовался бежавшими по причине новых раздоров между Яном и Карлом. Король Ян, приезжая постоянно один раз в году в Чехию, всякий раз пытался каким-нибудь образом собрать деньги, ко вреду Карлова хозяйства, до чего сын его уже не допускал. В 1342 году, когда Ян отправлялся из Чехии в Люксембург, он должен был обязаться не приезжать два года в Чехию и удовольствоваться 5000 гривен, которые Карл выплатил ему за это время из доходов земли. Между тем Людвиг предлагал Яну договор, выгодный для него самого и для его младшего сына Вячеслава, королю даже и в денежном отношении, но вовсе не выгодный для двух старших сыновей и особенно Яна Генриха, которого и без того уже опечалила потеря Тироля (1343). Поэтому Карл и Ян Генрих настойчиво воспротивились этому и король Ян должен был от этого отказаться. Тогда Людвиг стал переговариваться с сыновьями Яна и предлагал вознаграждение, за которое они соглашались прекратить спор (1344); но тут опять не соглашался король Ян, потому что он уже вошел после этого, в сношения с папой Климентом VI против Людвига. Вскоре после этого Ян и Карл отправились к папскому двору в Авиньон, чтобы окончательно условиться об общественной безопасности.
Во время этого съезда Людвиг обратился к самому папе с мирным договором, соглашаясь почти на все, что прежде требовал от него папа; поэтому Ян и Карл также согласились еще раз оказать ему снисхождение. Только маркграф Карл воспользовался чрезвычайно благоприятными обстоятельствами и вытребовал себе от папы освобождение чехов из под власти могучского (майнцкого) архиепископа, чего, еще задолго до него, напрасно добивались лучшие чешские князья. Папа Климент VI согласился, чтобы епископство пражское возведено было на степень архиепископства, которому бы подчинено было епископство моравское в Ольмюце и новое епископство в Чехии, с резиденцией в Лейтомишле, учрежденное в одно время с моравским. Епископ Арношт (Эрнст) из Пардубиц, преемник Яна IV Драусицкого, был сделан первым архиепископом пражским. Король Ян Карл приехали из Авиньона в Прагу и присутствовали при его возведении в архиепископское достоинство, которое было ознаменовано еще положением закладного камня, для построения нового, великолепного костела св. Вита в пражской крепости.
Оба чешских князя предприняли потом, без сомнения по требованию папы, новый крестовый поход в Литву на помощь немецким рыцарям (1345). С ними отправились также новый король угорский (венгерский) Людвиг, сын Карла I Роберта, воевода Бурбонский из Франции и много других знаменитых особ из чужих земель. Однако это предприятие потерпело такую же неудачу, как и предыдущее. Между тем цезарь Людвиг снова отказался от всяких уступок в переговорах с папой и против всякого ожидания скоро вошел в приятельский союз со всеми соседями чешского королевства. По окончании похода, король Ян возвратился в Люксембург, а сын его отправился через Польшу в Чехию. По дороге Карл, по распоряжению польского короля Казимира, был внезапно схвачен в городе его Калише, откуда счастливо спасся хитростью; вскоре после этого чехам объявили войну цезарь Людвиг, король Казимир, король Людвиг угорский (венгерский), воеводы австрийские, маркграф мишенский и наконец Калек, князь свидницкий в Силезии. Однако, при первом известии об этом, король Ян поспешил опять в Чехию, и когда Казимир прежде других начал войну, напав на верхнюю Силезию и Опавскую провинцию, Ян ударил на него со всеми силами, прогнал его и, осадив главную резиденцию короля Краков, принудил его сначала к перемирию, а потом к окончательному миру, к которому присоединились вскоре и другие его союзники, кроме цезаря Людвига. Но против него чешские князья выступили теперь без дальнейших рассуждений, в союзе с папой, который наконец вызывал немецких князей к избранию другого императора. Тогда пять курфюрстов сошлись в Рензе, именно: король Ян, архиепископы могучский (майнцкий), колинский, триестский и воевода саксонский и избрали немецким королем, на основании уже прежде принятого условия, маркграфа Карла, сына Янова (1346).