В начале XVII в. взаимоотношения католиков и протестантов в Германской империи по-прежнему оставались весьма напряженными. В 1618 г. чехи, в большинстве своем протестанты, подняли восстание против своего государя, венского императора[39]
— убежденного католика. Вместо него они провозгласили своим королем протестанта — Фридриха, курфюрста Пфальца. Однако силы католиков имели явный перевес. Они покорили Богемию, захватили Пфальц и стали добиваться того, чтобы и другие территории вернулись в лоно католической церкви. Это грозило нарушить баланс сил не только в Германии, но и во всей Европе.Будучи сам одним из протестантских государей Германии, Кристиан IV видел для себя непосредственную угрозу в растущей мощи императора и католиков. Однако вплоть до 1624 г. усилия короля были направлены главным образом на утверждение своих юных сыновей князьями-епископами в различных областях Северной Германии. В 1623—1624 гг. оба его сына получили по немецкому княжеству, сохранив еще на три неплохие виды. Тем самым королю удалось обеспечить сыновей материально, усилив при этом свои стратегические позиции. Император, не желая войны с королем Дании, вынужден был согласиться на подобный расклад. Вместе с тем в свете растущей угрозы со стороны католиков Голландия и Англия предложили Дании крупные суммы денег, в случае если Кристиан вступит в войну с императором и католиками. Государственный совет встретил данные предложения однозначным отказом, сославшись на то, что союзники ненадежны, да и Швеция легко могла атаковать страну с тыла. Однако король, опасаясь, что Швеция может принять на себя роль защитника протестантизма вместо Дании, все же вступил в войну — в качестве герцога Гольштейна. Это положило начало той части Тридцатилетней войны, которую в международной историографии именуют датской фазой, а в Дании — Цесарской войной (войной с императором).
Кристиану IV удалось набрать войско, сопоставимое с армией католиков. Однако вскоре выяснилось, что на военную и экономическую помощь союзников рассчитывать не приходится. Одновременно с этим богемский магнат Валленштейн за свой счет снарядил армию, выступившую на стороне императора. Так Кристиан оказался перед лицом противника, имевшего значительное превосходство, однако выйти из войны он уже не мог.
В 1626 г. объединенное войско католиков под командованием генерала Тилли разбило армию Кристиана IV в битве при Луттере на Баренберге близ Гарца. В 1627 г. императорское войско под командованием Валленштейна продвинулось на север и захватило сначала герцогства Шлезвиг и Гольштейн, а затем и весь полуостров Ютландия. Практически каждый третий подданный датского короля оказался на территории, занятой иностранными войсками. Под властью захватчиков они страдали от насилия и грабежей, однако прежде всего от размещения на их территории иностранных войск и сбора так называемой контрибуции — огромных дополнительных налогов, которые следовало выплачивать ежемесячно. Это служило для Валленштейна источником финансирования боевых действий его армии.
Несмотря на оккупацию Ютландии, в распоряжении Кристиана IV продолжали оставаться значительные ресурсы принадлежавших Дании островов, земли Сконе и Норвегии, а флот обеспечивал ему господство над датскими проливами. Поскольку император также был заинтересован в скорейшем высвобождении своих войск, не без оснований опасаясь нападения со стороны шведов, в 1629 г. был заключен мирный договор. Согласно ему, Кристиан был вынужден дать обещание впредь не вмешиваться в германские дела; кроме того, принадлежавшая его сыну епархия отходила в пользу императора. В целом же король Дании вышел из этой войны без каких-либо территориальных потерь.
Цесарская война явилась болезненным уроком для короля и серьезным ударом по его международному престижу. В последующие годы он прилагал значительные усилия по восстановлению Данией утраченных позиций. В Северной Германии ему удалось оставить за своим вторым сыном княжества — епархии Бремен и Верден, и тот начал собирать пошлину за проход по Эльбе. Одновременно с этим страна укреплялась в военном отношении. Тем не менее датская армия по-прежнему не могла сравниться со шведской, ставшей к тому времени одной из самых многочисленных и сильных в Европе. Хотя государственный совет и сословия выделяли королю значительные суммы, собранные за счет налогов, Кристиан IV считал их недостаточными, как и предоставляемую ему свободу действий. В связи с этим он значительно повысил Эресуннскую пошлину, ибо данный вопрос находился вне компетенции государственного совета. Данный шаг имел роковые последствия, поскольку сделал Нидерланды врагом короля.