Діяльність виконавчо-розпорядчих органів, що була спрямована на забезпечення потреб оборони, зазнала ще більшої централізації. На Раднаркоми СРСР і союзних республік покладалися основні функції із забезпечення виконання стратегічних рішень ДКО. Для керівництва забезпеченням потреб фронту в озброєнні створювалися нові наркомати (танкової промисловості - у вересні 1941; мінометного озброєння - у листопаді 1941 р.).
Відповідно до постанови РНК СРСР від 1 липня 1941 р., розширились повноваження РНК та наркоматів УРСР. Постановою РНК СРСР від 23 липня 1941 р. РНК УРСР та обласним виконкомам надавалося право перерозподіляти робочу силу в інтересах потреб оборони. Зазнала реорганізації структура державних та господарських установ республіки, скорочувалися та ліквідовувалися безпосередньо не пов’язані з оборонними питаннями управління й відділи.
Водночас окремі функції органів державної влади покладалися на органи спеціального призначення. Так, у червні 1941 р. було створено загальносоюзну Раду (в Україні - комісію) із питань евакуації; на місцях діяли уповноважені Ради, при наркоматах та відомствах - комітети й бюро з евакуації. До кінця 1941 р. з України було евакуйовано 3,5 млн громадян, 550 найбільших підприємств, понад 400 МТС, велику кількість промислової та сільгосппродукції. В перші дні війни при РНК СРСР був створений Комітет з обліку і розподілу робочої сили. Відповідні бюро діяли також при РНК УРСР та обласних виконкомах.
З визволенням українських земель уряд республіки розробив низку заходів, спрямованих на відбудову енергетики та видобутку вугілля, промисловості, залізничного транспорту, зв’язку, сільського господарства, культурно-освітніх закладів. Було прийнято ряд спільних постанов РНК УРСР та ЦК КП(б)У, серед яких «Про організацію видобутку вугілля і відбудову шахт Донбасу» від 15 лютого 1943 р., «Про відновлення роботи шкіл у районах Української РСР, визволених від фашистських окупантів» від 27 лютого 1943 р., «Про відбудову Ново-Краматорського і Старо-Краматорського заводу» від 30 вересня 1943 р. та ін. Значна увага приділялася житловому будівництву, для керівництва цією галуззю 10 серпня 1943 р. було утворено республіканський Наркомат житлово-цивільного будівництва.
На підставі прийнятих Х сесією Верховної Ради СРСР законів «Про утворення військових формувань союзних республік» та «Про надання союзним республікам повноважень у галузі зовнішніх зносин» 5 лютого 1944 р. були утворені союзно-республіканські наркомати УРСР закордонних справ та оборони. Характерно, що право мати власного наркома оборони з усіх союзних республік реалізувала лише Україна. Проте, робота цих наркоматів значною мірою була обмеженою. Коли остаточно з’ясувалося питання про вступ України до ООН, наркомат оборони було фактично ліквідовано, а наркомат закордонних справ виконував здебільшого «декоративну» функцію, його діяльність чітко дозувалася центром.
Відбулися й інші зміни в структурі урядових органів. Так, при РНК УРСР були створені Управління у справах поліграфії і видавництв (вересень 1943 р.), у справах архітектури (грудень 1943 р.), у справах сільського і колгоспного будівництва. У січні 1945 р. створюються Управління у справах кінематографії та Комітети у справах мистецтв та у справах культурно-освітніх установ.
До справи оборони країни і руху опору були залучені також церква, різні комітети, фонди, народні ініціативи щодо допомоги фронту, патріотично налаштоване зарубіжжя.
Наприкінці 1942 р. розпочалося відновлення місцевого владного апарату. З цією метою створювалися спеціальні оперативні групи з числа керівних партійних, радянських та господарських працівників, які входили у районні та обласні центри України разом із передовими частинами Червоної Армії. За умови відсутності до 80% депутатів місцевих Рад, місцеві керівні органи формувалися на основі цих груп із залученням представників партійно - радянського активу. За прикладом центру застосовувалась практика прийняття спільних постанов партійних і радянських органів на місцях. Отже, характерною особливістю процесу відновлення місцевих органів влади стало безпосереднє об’єднання партійного і радянського керівництва.
В умовах війни відбулися значні зміни в діяльності судових та правоохоронних органів. Відповідно до Указу «Про воєнний стан» від 22 червня 1941 р. «усі справи про злочини проти оборони, громадського порядку та державної безпеки» передавалися на розгляд військових трибуналів. Крім того, воєнним властям надавалося право на власний розсуд «передавати на розгляд військових трибуналів справи про спекуляцію, злісне хуліганство та інші злочини, передбачені Кримінальними кодексами союзних республік».