Характерним для козацького кримінального права було присудження до конкретного виду покарання без визначення його міри. Так було, наприклад, при засудженні до забивання киями біля ганебного стовпа. Залежно від обставин це покарання могло полягати у простому побитті киями прикованого до ганебного стовпа злочинця. Проте інколи воно переростало в нещадне й жорстоке биття, яка завершувалося смертю засудженого. Процедуру цього покарання колоритно описує Д. Яворницький. Повз злочинця проходили товариші, причому одні мовчки дивляться на прив’язаного; інші, напившись, лають і б’ють його; треті пропонують йому грошей; четверті, прихопивши з собою горілки й калачів, поять і годують його. Але коли злочинець вип’є, то козаки, що до нього причепилися, кажуть: „Тепер же, брате, дай-но ми тебе трохи поб’ємо”. Даремно тоді злочинець буде благати про помилування; на всі його прохання козаки впетро відповідають: „За те ми тебе, скурвий сину, й горілкою поїли, що нам тебе треба попобити”. Після цього вони завдають кількох ударів по прив’язаному до стовпа й ішли; за ними з’являлися інші. В такому положенні злочинець залишався добу, а то й п’ять підряд, на розсуд суддів. Але звичайно було так, що вже за добу злочинця вбивали на смерть, після чого його майно відбиралося на військо.
Практикувались також членоушкодження і калічницькі покарання, коли засудженому ламали або відсікали руку або ногу, відрізали ніс, вухо, язик, таврували злочинця.
За дрібні провини застосовували ганебні покарання: винного приковували або прив’язували до ганебного стовпа.
Судочинство і виконання вироків здійснювалося публічно. Суд не був відокремленим від адміністрації: в межах своїх повноважень судили паланкові полковники, курінні отамани, січова старшина, військовий суддя й курінний отаман, а в особливо важливих справах - січова рада. Важливу роль у здійсненні козацького правосуддя відігравали „старики” - заслужені й авторитетні козаки, які стежили за збереженням давнього порядку судочинства.
У якості доказів використовувалися: визнання підсудним своєї провини; покази свідків, потерпілих; пояснення підсудного; зовнішні ознаки наприклад, синці чи інші ушкодження; речові докази; письмові документи (листи, боргові розписки тощо).
При вирішенні спорів приватного характеру судді всіляко намагалися схилити сторони до примирення. Тому козак, який не погоджувався з рішенням суду курінного отамана у першій інстанції, міг звертатися до суду другої інстанції - військового судді, а потім і до суду третьої інстанції - кошового отамана.
При розгляді кримінальної справи злочинцю пропонували зізнатися у скоєному і щиросердно покаятись. З метою дістатися зізнання практикувалося застосування тортур, проте „мучити” мали прилюдно. При винесенні вироку звинуваченому у кримінальному злочині суд враховував думку громади.
Злочинцю, якого суд приговорив до страти, за клопотанням товариства могли призначити м’якше покарання. У разі повторного скоєння ним злочину громада зобов’язувалася спіймати його і доставити на Січ. Зважаючи на обставини, що пом’якшували провину, а також на наявність у злочинця малолітніх дітей, іноді смертну кару заміняли побиттям киями. У якості додаткового покарання в такому випадку застосовували конфіскацію майна, причому одну частину віддавали на військо, другу - старшині, третю частину і все рухоме майно винного - його дружині й дітям, якщо він був жонатим. Проте, зазвичай, призначені судом і схвалені кошовим отаманом вироки не підлягали оскарженню і виконувалися негайно.
Для виконання страти у запорозьких козаків не існувало ката. Коли була потреба стратити якогось злочинця, то його, як правило, наказували й страчувати злочинцеві. Якщо ж на той час був лише один засуджений до страти, то його залишали чекати до того часу, поки не з’являвся другий, і новий злочинець страчував попереднього.