Наступление пустыни продолжалось, высыхали последние нильские притоки, люди вынуждены были селиться все ближе и ближе к самому Нилу. Эпоха неолита (вплоть до IV тысячелетия до н. э.) связана с появлением племен у предела самой Нильской долины, с приобретением ими первых навыков земледелия.
Археологические раскопки поселений эпохи позднего неолита, относящихся к VI–IV тысячелетиям до н. э., показывают, что жители их вели уже вполне оседлый образ жизни, занимались земледелием (до нас дошли каменные зернотерки, деревянные серпы с кремневыми зубцами, зерна ячменя и пшеницы-двузернянки), скотоводством (кости быков, баранов, свиней), охотой, рыболовством, собирательством. Жители этих поселений, расположенных, как правило, по краям долины, ещё робели перед Нилом и не предпринимали попыток обуздания реки.
С появлением медных орудий производства, со вступлением в эпоху энеолита (медно-каменный век) люди начинают решительное наступление на Нильскую долину. В течение тысячелетий Нил создал своими наносами более высокие по сравнению с уровнем самой долины берега, поэтому существовал естественный уклон от берега к краям долины, и вода в период паводка распространялась по ней самотеком. Чтобы обуздать реку, сделать поток воды в период наводнения управляемым, люди укрепляли берега, возводили береговые дамбы, насыпали поперечные плотины от берегов реки до предгорий, чтобы задержать воду на полях до тех пор, пока достаточно не насытится влагой почва, а находящийся в воде во взвешенном состоянии ил не осядет на поля. Много сил потребовало и прорытие водоотводных каналов, через которые сбрасывалась в Нил перед посевом оставшаяся на поле вода.
Так в первой половине IV тысячелетия до н. э. в древнем Египте создается бассейновая система орошения, ставшая основой ирригационного хозяйства страны на многие тысячелетия вплоть до первой половины нашего века. Древняя система орошения была тесно связана с водным режимом Нила и обеспечивала выращивание одного урожая в год, который в тамошних условиях созревал зимой (посев начинался только в ноябре, после паводка) и собирался ранней весной. Обильные и устойчивые урожаи обеспечивались тем, что во время разлива египетская почва ежегодно восстанавливала свое плодородие, обогащаясь новыми отложениями ила, который под воздействием солнечного тепла имел способность выделять соединения азота и фосфора, столь необходимые для будущего урожая. Следовательно, египтянам не надо было заботиться об искусственном поддержании плодородия почвы, которая не нуждалась в дополнительных минеральных или органических удобрениях. Процесс обуздания реки, приспособления ее к нуждам людей был длительным и охватывал, по-видимому, целиком все IV тысячелетне до н. э.
Каждый коллектив людей, каждое племя, осмелившееся спуститься в долину Нила и поселиться в ней на немногих возвышенных и недоступных наводнению местах, немедленно вступает в героическое единоборство с природой. Приобретенный опыт и навыки, целенаправленная организация людей, упорный труд всего племени в конце концов приносят успех — осваивается малая часть долины, создается небольшая автономная ирригационная система, основа хозяйственной жизни коллектива, соорудившего ее.
Вероятно, уже в процессе борьбы за создание ирригационной системы происходят серьезные изменения в общественной жизни родо-племенной общины, связанные с резким изменением условий жизни, труда и организации производства в специфических условиях Нильской долины. О происходивших событиях мы не имеем почти никаких данных и вынуждены реконструировать их совершенно гипотетически. По всей вероятности, в это время существовала соседская земельная община (B исторический период фараонского Египта явственных следов существования сельской общины не обнаружено.). Претерпевали изменения и традиционные функции племенных вождей и жрецов — на них теперь ложится ответственность за организацию сложного ирригационного хозяйства и управление им; таким образом, в руках вождей и их ближайшего окружения концентрируются экономические рычаги управления. Это с неизбежностью должно было повлечь за собой начало имущественного расслоения. Экономически господствующая группа нуждается в создании средств для сохранения сложившегося в ее пользу положения в обществе, и такие средства политического господства над подавляющим большинством членов общины, видимо, создаются уже в это время, что, естественно, с самого начала должно было налагать определенный отпечаток на характер самой общины. Так в условиях создания ирригационных систем возникает своеобразная общность людей в рамках локального ирригационного хозяйства, которой присущи как черты соседской земельной общины, так и черты первичного государственного образования.
По традиции мы называем такие общественные организации греческим термином «ном».