После разрушения Милета и покорения ионийских греков в начале Греко-персидских войн Синопа попадает в зависимость от ахеменидских царей, которые, однако, сохранили ее внутреннюю самостоятельность. Усиление Первого Афинского морского союза и поражение персов в войне позволило афинянам включить в состав своей морской державы, наряду с другими причерноморскими городами, и Синопу. Благодаря экспедиции афинян 437 г. до н. э. во главе с Периклом правивший здесь тиран Тимесилай был свергнут, и в Синопе была установлена демократическая форма правления. В город переселились 300 афинских колонистов-клерухов. Демократический режим в Синопе сохранился даже после 387 г. до н. э., когда по условиям Анталкидова мира Синопа вновь попала под контроль персов. Это никак не изменило роль города в международной транзитной торговле, которая продолжала активно развиваться. Вместе с тем сохранилось и прежнее его значение как центра сельскохозяйственного и ремесленного производства.
По несколько иному пути пошло политическое развитие другого крупного торгового и ремесленного центра Южного Причерноморья – Гераклеи Понтийской. Эта колония, основанная выходцами из Мегар и Беотии в 560 г. до н. э. неподалеку от проливов, соединявших Черное море с Эгейским, контролировала торговый путь, по которому товары из Балканской Греции шли в Северное Причерноморье (преимущественно в Крым) и обратно. Неизбежное столкновение интересов Гераклеи и Синопы привело к тому, что сферы экономических и политических интересов этих ведущих центров были поделены, и в зону, контролируемую гераклеотами, вошел Крым и регионы южной части Западного Причерноморья с находившимися там греческими городами (Аполлония и др.). Около 520 г. до н. э. Гераклея основала здесь и собственную колонию – город Калатис.
В Гераклее правил Совет шестисот граждан, среди которых преимущественное положение занимали представители военно-земледельческой знати. После экспедиции Перикла 437 г. до н. э. Гераклея была вынуждена войти в состав Афинской морской державы, но, воспользовавшись событиями Пелопоннесской войны, после восстания 424 г. до н. э. вышла из союза, освободившись от афинского контроля. Гераклейские олигархи, ощущая недовольство этим шагом со стороны демократически настроенной части населения, грозившее внутренними потрясениями, основали в 422–421 гг. до н. э. собственную колонию Херсонес Таврический на побережье Юго-Западного Крыма (современный Севастополь). Именно сюда была выселена часть недовольного демоса.
Однако после неудачного вмешательства в войну Боспора и Феодосии на стороне последней, значительно подорвавшего экономику Гераклеи, вновь наступил период политической нестабильности. Воспользовавшись этим, знатный гераклеот Клеарх в 364 г. до н. э. установил свой тиранический режим. Совет был распущен, значительная часть его членов репрессирована, их имущество и земли были конфискованы и поделены между неимущими гражданами.
Действия Клеарха вполне укладывались в схему традиционной модели тирании: репрессии против оппозиции, заигрывание перед демосом (отмена долгов, частичный передел земли), привлечение на свою сторону той части аристократии, которая могла помочь тирану в управлении, опора на наемную армию и т. п. Для усиления социальной опоры своей тирании Клеарх освободил часть рабов, даровав им гражданские права. На смену тирану, убитому в 352 г. до н. э., пришел его брат Сатир, а после него правили сыновья Клеарха Тимофей (правил до 317 г. до н. э.) и Дионисий (до 306 г. до н. э.). Благодаря их хитрой и изворотливой политике (как внутренней, так и внешней), Гераклея надолго сохранила свой высокий международный авторитет в Малой Азии и Причерноморье и превратилась в крупное государство.
Еще один центр экономического и политического влияния в Причерноморье сформировался на берегах Боспора Киммерийского (современный Керченский пролив). Во второй половине VI в. до н. э. здесь было основано несколько ионийских колоний (Пантикапей, Феодосия, Фанагория, Кепы и др.). Уже на рубеже VI–V вв. до н. э., испытывая угрозу захвата со стороны местных скифских племен, они объединились в союзное Боспорское государство во главе с Пантикапеем. Несмотря на то что в середине V в. до н. э. это объединение вошло в сферу влияния Первого Афинского морского союза, боспорские правители, происходившие из знатного пантикапейского аристократического рода, старались дистанцироваться от демократических Афин, стремясь к независимости.